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[[File:Transcription Factors.svg|thumb|442px|Esquema de un activador]]

En [[biología molecular]] y [[genética]], un '''factor de transcripción''' (a veces llamado factor de unión a una secuencia específica de [[DNA|ADN]]) es una [[proteína]] que une [[Secuencia de ADN|secuencias]] específicas de ADN, controlando así la [[Transcripción genética|transcripción]] de la información genética de ADN a [[ARN mensajero]].<ref name="pmid9570129">{{Cita publicación | author= Latchman DS | title = Transcription factors: an overview | journal = The International Journal of Biochemistry & Cell Biology | volume = 29 | issue = 12 | pages = 1305–12 | date = Dec 1997 | pmid = 9570129 | doi = 10.1016/S1357-2725(97)00085-X }}</ref><ref name="pmid2128034">{{Cita publicación |author = Karin M | title = Too many transcription factors: positive and negative interactions | journal = The New Biologist | volume = 2 | issue = 2 | pages = 126–31 | date = Feb 1990 | pmid = 2128034 | doi =  }}</ref> Los factores de transcripción hacen esto solos o en conjunto a otros complejos proteicos promoviendo (como un activador) o silenciando (como un represor) el reclutamiento de la [[ARN polimerasa|RNA polimerasa]] ( la enzima que hace la transcripción de información genética de ADN a RNA) a genes específicos.<ref name="pmid8870495">{{Cita publicación | author= Roeder RG | title = The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II | journal = Trends in Biochemical Sciences | volume = 21 | issue = 9 | pages = 327–35 | date = Sep 1996 | pmid = 8870495 | doi = 10.1016/0968-0004(96)10050-5 }}</ref><ref name="pmid8990153">{{Cita publicación | author= Nikolov DB, Burley SK | title = RNA polymerase II transcription initiation: a structural view | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 94 | issue = 1 | pages = 15–22 | date = Jan 1997 | pmid = 8990153 | pmc = 33652 | doi = 10.1073/pnas.94.1.15 | bibcode = 1997PNAS...94...15N }}</ref><ref name="pmid11092823">{{Cita publicación | author= Lee TI, Young RA | title = Transcription of eukaryotic protein-coding genes | journal = Annual Review of Genetics | volume = 34 | issue =  | pages = 77–137 | year = 2000 | pmid = 11092823 | doi = 10.1146/annurev.genet.34.1.77 }}</ref>

Una característica determinante de los factores de transcripción es que contienen uno o más [[Dominio de unión al ADN|dominios de unión al ADN]] (DBD por sus siglas en inglés, ''DNA-binding domains''), los cuales de unen a secuencias específicas de ADN adyacente a los genes que regulan.<ref name="pmid2667136">{{Cita publicación | author= Mitchell PJ, Tjian R | title = Transcriptional regulation in mammalian cells by sequence-specific DNA binding proteins | journal = Science | volume = 245 | issue = 4916 | pages = 371–8 | date = Jul 1989 | pmid = 2667136 | doi = 10.1126/science.2667136 | bibcode = 1989Sci...245..371M }}</ref><ref name="pmid9121580">{{Cita publicación | author= Ptashne M, Gann A | title = Transcriptional activation by recruitment | journal = Nature | volume = 386 | issue = 6625 | pages = 569–77 | date = Apr 1997 | pmid = 9121580 | doi = 10.1038/386569a0 | bibcode = 1997Natur.386..569P }}</ref> Proteínas adicionales como coactivadores, remodeladores de cromatina, [[Histona acetiltransferasa|histona acetiltransferasas]], [[Histona deacetilasa|deacetilasas]], [[Cinasa|cinasas]] y [[Metilación|metiltransferasas]], mientras que también juegan papeles cruciales en la [[Regulación de la expresión génica|regulación genética]], carecen de DBDs y, por lo tanto, no son clasificados como factores de transcripción.<ref name="pmid11823631">{{Cita publicación | author= Brivanlou AH, Darnell JE | title = Signal transduction and the control of gene expression | journal = Science | volume = 295 | issue = 5556 | pages = 813–8 | date = Feb 2002 | pmid = 11823631 | doi = 10.1126/science.1066355 | bibcode = 2002Sci...295..813B }}</ref>

== Conservación en diferentes organismos ==

Los factores de transcripción son esenciales para la regulación de la expresión genética y son, como consecuencia, encontrados en todos los organismos vivos. La cantidad de factores de transcripción en un organismo incrementa con el amaño de su genoma, y genomas más grandes tienden a tener más factores de transcripción por gen.<ref name="pmid12957540">{{Cita publicación | author= van Nimwegen E | title = Scaling laws in the functional content of genomes | journal = Trends in Genetics | volume = 19 | issue = 9 | pages = 479–84 | date = Sep 2003 | pmid = 12957540 | doi = 10.1016/S0168-9525(03)00203-8 }}</ref>

Hay aproximadamente 2600 proteínas en el [[genoma humano]] que contienen dominios de unión al ADN, y muchos de estos son pensados que funcionan como factores de transcripción,<ref name="pmid15193307">{{Cita publicación | author= Babu MM, Luscombe NM, Aravind L, Gerstein M, Teichmann SA | title = Structure and evolution of transcriptional regulatory networks | journal = Current Opinion in Structural Biology | volume = 14 | issue = 3 | pages = 283–91 | date = Jun 2004 | pmid = 15193307 | doi = 10.1016/j.sbi.2004.05.004 }}</ref> aunque otros estudios indican que son menos.<ref>[http://www.biostars.org/p/53590/ List Of All Transcription Factors In Human<!-- Bot generated title -->]</ref> Por lo tanto, aproximadamente el 10% de los genes en el genoma codifican para factores de transcripción lo que hace a esta familia la más grande de las familias de proteínas humanas. Además, los genes son normalmente rodeados por varios sitios de unión para diferentes g¿factores de transcripción, y la expresión eficiente de cada uno de estos genes requiere la acción cooperativa de varios factores de transcripción (ver, por ejemplo, los factores de transcripción nuclear del hepatocito). Por lo tanto, el uso combinacional de un grupo de aproximadamente 200 factores de transcripción humanos explica fácilmente la regulación única para cada gen en el genoma humano durante el [[Biología del desarrollo|desarrollo]].<ref name="pmid11823631" />

== Mecanismo ==
Los factores de transcripción se unen a regiones [[Enhancer|potenciadoras]] (enhancers) o promotoras adyacentes a los que genes que regulan. Dependiendo del factor de transcripción, la transcripción del gen adyacente es regular a positive o negativamente. Los factores de transcripción usan una variedad de mecanismos para regular la expresión genética.<ref name="pmid11758455">{{Cita publicación | author= Gill G | title = Regulation of the initiation of eukaryotic transcription | journal = Essays in Biochemistry | volume = 37 | issue =  | pages = 33–43 | year = 2001 | pmid = 11758455 | doi =  10.1042/bse0370033}}</ref>  Estosmecanismos incluyen:
* estabilizar o impedir la unión de la ARN polimerasa al ADN
* catalizar la [[acetilación]] o deacetilación de las [[Histona|histonas]]. El factor de transcripción puede hacer esto directamente o reclutando otras proteínas con esta actividad catalítica. Muchos factores de transcripción usan uno de los dos mecanismos para regular la transcripción:<ref name="pmid11909519">{{Cita publicación | author= Narlikar GJ, Fan HY, Kingston RE | title = Cooperation between complexes that regulate chromatin structure and transcription | journal = Cell | volume = 108 | issue = 4 | pages = 475–87 | date = Feb 2002 | pmid = 11909519 | doi = 10.1016/S0092-8674(02)00654-2 }}</ref>
** [[Histona acetiltransferasa|histona acetilltransferasa]] (HAT por sus siglas en inglés, histone acetyltransferase) – acetila las histonas, lo que provoca que la associación del ADN con las [[Histona|histonas]] se debilite haciendo más accesible al ADN para la transcripción y por lo tanto regulando la transcripción positivamente
** [[histona deacetilasa]] (HDAC por sus siglas en inglés, histone deacetylase) – deacetila las histonas fortaleciendo la asociación del ADN con las [[Histona|histonas]] y vuelve al ADN menos accesible a la transcripción, por lo tanto regulando la transcripción positivamente
* reclutamiento de proteínas [[Coactivador|coactivadoras]] o [[correpresor]] al complejo de factores de transcripción del ADN<ref name="pmid10322133">{{Cita publicación | author= Xu L, Glass CK, Rosenfeld MG | title = Coactivator and corepressor complexes in nuclear receptor function | journal = Current Opinion in Genetics & Development | volume = 9 | issue = 2 | pages = 140–7 | date = Apr 1999 | pmid = 10322133 | doi = 10.1016/S0959-437X(99)80021-5 }}</ref>

== Función ==

Los factores de transcripción son uno de los grupos de proteínas que leen e interpretan los "planos" genéticos del ADN. Se unen al ADN y ayudan a iniciar un prograa de transcripción genética aumentado o disminuido. Como tal, son vitales para muchos proceso celulares. A continuación se describen algunas funciones importantes y papeles biológicos que ivolucran a los factores de transcripción.

===  Regulación de la transcripción basal ===
En [[eukaryote|eucarionte]]s, una clase importante de los factores de transcripción son los llamados factores generales de transcripción (GTFs por sus siglas e inglés, general transcription factors ) los cuales son necesarios para que ocurra la transcripción.<ref name="isbn1-86094-126-5">{{cite book | author = Robert O. J. Weinzierl | title = Mechanisms of Gene Expression: Structure, Function and Evolution of the Basal Transcriptional Machinery | edition = | publisher = World Scientific Publishing Company | location = | year = 1999 | pages = | isbn = 1-86094-126-5 | oclc = | doi = | url = }}</ref><ref name="pmid12672487">{{Cita publicación | author= Reese JC | title = Basal transcription factors | journal = Current Opinion in Genetics & Development | volume = 13 | issue = 2 | pages = 114–8 | date = Apr 2003 | pmid = 12672487 | doi = 10.1016/S0959-437X(03)00013-3 }}</ref><ref name="pmid12676794">{{Cita publicación | author= Shilatifard A, Conaway RC, Conaway JW | title = The RNA polymerase II elongation complex | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 72 | issue =  | pages = 693–715 | year = 2003 | pmid = 12676794 | doi = 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161551 }}</ref> Muchos de estos GTFs no se unen al ADN, sino que son parte del [[Complejo de pre-iniciación|complejo de preinicio]] que interactúa directamente con la [[ARN polimerasa]]. Los GTFs más comunes son TFIIA, [[TFIIB]], [[TFIID]] (ver también [[proteína de unión a TATA]]), TFIIE, TFIIF, and TFIIH.<ref name="pmid16858867">{{Cita publicación | author= Thomas MC, Chiang CM | title = The general transcription machinery and general cofactors | journal = Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology | volume = 41 | issue = 3 | pages = 105–78 | year = 2006 | pmid = 16858867 | doi = 10.1080/10409230600648736 }}</ref> El complejo de preiniciación une las regiones [[Promotor (genética)|promotoras]] de ADN río arriba al gen que regulan. 

===  Potenciación diferencial de la transcripción ===
Otros factores de transcripción regulan diferencialmente la expresión de varios genes uniéndose las regiones [[Enhancer|potenciadoras]] de ADN adyacente a los genes regulados. Estos factores de transcripción son cruciales para garantizar que los genes sean expresados en la célula correcta en el momento indicado y en la cantidad necesaria, dependiendo de los requerimientos del organismo.

==== Desarrollo ====
Muchos factores de transcripción de [[Pluricelular|organismo pluricelulares]] son involucrados en el desarrollo.<ref name="pmid1424766">{{Cita publicación | author= Lobe CG | title = Transcription factors and mammalian development | journal = Current Topics in Developmental Biology | volume = 27 | issue =  | pages = 351–83 | year = 1992 | pmid = 1424766 | doi = 10.1016/S0070-2153(08)60539-6 | isbn = 978-0-12-153127-0 | series = Current Topics in Developmental Biology }}</ref> Respondiendo al ambiente (estímulos), estos factores de transcripción prenden o apagan la transcripción de los genes apropiados, lo que, como respuesta, permite cambios en la [[Morfología (biología)|morfología]] de la célula o actividades necesarias para la determinación del destino de la célula y [[diferenciación celular]]. La familia de factores transcripción de los [[genes Hox]], por ejemplo, es importante para la formación adecuada de patrones corporales en organismo tan diversos como moscas de frutas o humanos.<ref name="pmid17008523">{{Cita publicación | author= Lemons D, McGinnis W | title = Genomic evolution of Hox gene clusters | journal = Science | volume = 313 | issue = 5795 | pages = 1918–22 | date = Sep 2006 | pmid = 17008523 | doi = 10.1126/science.1132040 | bibcode = 2006Sci...313.1918L }}</ref><ref name="pmid16515781">{{Cita publicación | author= Moens CB, Selleri L | title = Hox cofactors in vertebrate development | journal = Developmental Biology | volume = 291 | issue = 2 | pages = 193–206 | date = Mar 2006 | pmid = 16515781 | doi = 10.1016/j.ydbio.2005.10.032 }}</ref> Otro ejemplo es el factor de transcripción codificado por el gen de la [[SRY|región determinate del sexo Y]] (SRY), el cual juega un papel importante en la determinación del sexo en humanos.<ref name="pmid17187356">{{Cita publicación | author= Ottolenghi C, Uda M, Crisponi L, Omari S, Cao A, Forabosco A, Schlessinger D | title = Determination and stability of sex | journal = BioEssays | volume = 29 | issue = 1 | pages = 15–25 | date = Jan 2007 | pmid = 17187356 | doi = 10.1002/bies.20515 }}</ref>

==== Respuesta a señales intercelulares ====
Las células se pueden comunicar entre ellas liberando moléculas que produces [[Transducción de señal|cascadas de señalización]] en otra célula receptora. Si la señal requiere de una regulación positiva o negativa de los genes de la célula receptora, normalmente los factores de transcripción estarán río abajo en la cascada de señalización.<ref name="pmid8293575">{{Cita publicación | author= Pawson T | title = Signal transduction--a conserved pathway from the membrane to the nucleus | journal = Developmental Genetics | volume = 14 | issue = 5 | pages = 333–8 | year = 1993 | pmid = 8293575 | doi = 10.1002/dvg.1020140502 }}</ref> La señalización de [[estrógeno]] es un ejemplo de una cascada de señales cortas que involucra al factor de transcripción receptor de [[estrógeno]]: el estrógeno es secretado por tejidos como [[Ovario|ovarios]] y [[placenta]], cruza la [[Membrana plasmática|membrana celular]] de la célula receptora y se une al receptor de estrógeno en el [[citoplasma]] de la célula. El receptor de estrógeno viaja al núcleo y se une a su sitio de unión al ADN, cambiando la regulación de la transcripción de los genes asociados.<ref name="pmid11916222">{{Cita publicación | author= Osborne CK, Schiff R, Fuqua SA, Shou J | title = Estrogen receptor: current understanding of its activation and modulation | journal = Clinical Cancer Research | volume = 7 | issue = 12 Suppl | pages = 4338s-4342s; discussion 4411s-4412s | date = Dec 2001 | pmid = 11916222 | doi =  }}</ref>

==== Respuesta al ambiente ====
Los factores de transcripción no solamente actúan río abajo de las cascadas de señalización relacionadas a estímulos biológicos sino que también pueden estar río abajo de las cascadas de señalización involucradas en estímulos ambientales. Ejemplos incluyen al factor de choque de calor (HSF), para el cual genes positivamente regulados son necesarios para sobrevivir a altas temperaturas,<ref name="pmid18239856">{{Cita publicación | author= Shamovsky I, Nudler E | title = New insights into the mechanism of heat shock response activation | journal = Cellular and Molecular Life Sciences | volume = 65 | issue = 6 | pages = 855–61 | date = Mar 2008 | pmid = 18239856 | doi = 10.1007/s00018-008-7458-y }}</ref> al factor de hipoxia inducibe (HIF),para el cual genes positivamente regulados son necesarios para la sobrevivencia de la célula en ambientes con bajos niveles de oxígeno,<ref name="pmid18202826">{{Cita publicación | author= Benizri E, Ginouvès A, Berra E | title = The magic of the hypoxia-signaling cascade | journal = Cellular and Molecular Life Sciences | volume = 65 | issue = 7-8 | pages = 1133–49 | date = Apr 2008 | pmid = 18202826 | doi = 10.1007/s00018-008-7472-0 }}</ref> y proteína de unión al elemento regulador de esterol (SREBP), el cual ayuda a mantener los niveles de lípidos apropiados en la célula.<ref name="pmid15457548">{{Cita publicación | author= Weber LW, Boll M, Stampfl A | title = Maintaining cholesterol homeostasis: sterol regulatory element-binding proteins | journal = World Journal of Gastroenterology | volume = 10 | issue = 21 | pages = 3081–7 | date = Nov 2004 | pmid = 15457548 | doi =  10.3748/wjg.v10.i21.3081| url = http://www.wjgnet.com/1007-9327/10/3081.asp }}</ref>

==== Control del ciclo celular ====

Muchos factores de transcripción, especialmente algunos que son [[Oncogén|proto-oncogenes]] o [[Gen supresor tumoral|supresores de tumores]], ayudan a regular el [[ciclo celular]] y determinar qué tan grande una célula debe de ser para dividirse en dos células hijas.<ref name="pmid8960358">{{Cita publicación | author= Wheaton K, Atadja P, Riabowol K | title = Regulation of transcription factor activity during cellular aging | journal = Biochemistry and Cell Biology = Biochimie Et Biologie Cellulaire | volume = 74 | issue = 4 | pages = 523–34 | year = 1996 | pmid = 8960358 | doi = 10.1139/o96-056 }}</ref><ref name="pmid8864058">{{Cita publicación | author= Meyyappan M, Atadja PW, Riabowol KT | title = Regulation of gene expression and transcription factor binding activity during cellular aging | journal = Biological Signals | volume = 5 | issue = 3 | pages = 130–8 | year = 1996 | pmid = 8864058 | doi = 10.1159/000109183 }}</ref> Un ejemplo es el oncogén [[Myc]], el cual tiene papeles importantes en el [[crecimiento celular]] y [[apoptosis]].<ref name="pmid7846125">{{Cita publicación | author= Evan G, Harrington E, Fanidi A, Land H, Amati B, Bennett M | title = Integrated control of cell proliferation and cell death by the c-myc oncogene | journal = Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences | volume = 345 | issue = 1313 | pages = 269–75 | date = Aug 1994 | pmid = 7846125 | doi = 10.1098/rstb.1994.0105 }}</ref>

==== Patogénesis ====

Los factores de transcripción también pueden ser utilizados para alterar la expresión genética en una célula huésped para promover patogénesis. Un ejemplo bien estudiado de esto son los efectores TAL secretados por bacterias ''Xanthomonas''. Cuando se le inyecta a las plantas, estas proteínas pueden entrar al núcleo celular, unirse a secuencias promotoras y activar la transcripción de genes de plantas que ayudan en infecciones bacteriales.<ref name="Boch J, Bonas U. 2010">{{Cita publicación | author= Boch J, Bonas U | title = Xanthomonas AvrBs3 family-type III effectors: discovery and function | journal = Annual Review of Phytopathology | volume = 48 | issue =  | pages = 419–36 | year = 2010 | pmid = 19400638 | doi = 10.1146/annurev-phyto-080508-081936 }}</ref> Los efectores TAL contienen una región central repetida en la cual hay una simple relacón entre la identidad e dos residuos críticos en repeticiones secuenciales y bases de ADN secuenciales en el sitio de ataque de los efectores TAL.<ref name="Moscou2010">{{Cita publicación | author= Moscou MJ, Bogdanove AJ | title = A simple cipher governs DNA recognition by TAL effectors | journal = Science | volume = 326 | issue = 5959 | page = 1501 | date = Dec 2009 | pmid = 19933106 | doi = 10.1126/science.1178817 | bibcode = 2009Sci...326.1501M }}</ref><ref name="Boch J, Scholze H, Schornack S, ''et al.'' 2010">{{Cita publicación | author= Boch J, Scholze H, Schornack S, Landgraf A, Hahn S, Kay S, Lahaye T, Nickstadt A, Bonas U | title = Breaking the code of DNA binding specificity of TAL-type III effectors | journal = Science | volume = 326 | issue = 5959 | pages = 1509–12 | date = Dec 2009 | pmid = 19933107 | doi = 10.1126/science.1178811 | bibcode = 2009Sci...326.1509B }}</ref> Esta propiedad posiblemente facilita que estas proteínas evolucionen para poder competir mejor con los mecanismos de defensa de la célula huésped.<ref name="Voytas DF, Joung JK. 2010.">{{Cita publicación | author= Voytas DF, Joung JK | title = Plant science. DNA binding made easy | journal = Science | volume = 326 | issue = 5959 | pages = 1491–2 | date = Dec 2009 | pmid = 20007890 | doi = 10.1126/science.1183604 | bibcode = 2009Sci...326.1491V }}</ref>

== Regulación ==

Es común en biología que proceso importante tengan múltiples niveles de regulación y control. Esto también es cierto para los factores de transcripción: los factores de transcripción no solamente controlan la velocidad de transcripción para regular la cantidad de productos genéticos (ARN y proteínas) disponibles a la célula sino también a los mismos factores de transcripción (normalmente a través de otros factores de transcripción). A continuación de resumen algunas de las formas en que la actividad de los factores de transcripción puede ser regulada.

=== Síntesis ===

Los factores de transcripción (como todas las proteínas) son transcritos de un gen en un cromosoma a ARN y luego el ARN es traducido a proteína. Cualquiera de estos pasos puede ser regulado para afectar la producción (y por lo tanto la actividad) de un factor de transcripción. Una implicación interesante es que los factores de transcripción se pueden regular a sí mismos. Por ejemplo, en una retroalimentación negativa, el factor de transcripción actúa como su propio represor: si la proteína del factor de transcripción se une al ADN de su mismo gen, se diminuirá la producción de más de sí mismo. Este es un mecanismo que mantiene los niveles bajos de un factor de transcripción en una célula.

=== Localización nuclear ===

En [[eukaryote|eucarionte]]s, los factores de transcripción (como la mayoría de las proteínas) son transcritos en el [[Núcleo celular|núcleo]] pero son traducidos en el [[citoplasma]] celular. Muchas proteínas que son activas en el núcleo contienen señales de localización nuclear que las dirige directamente al núcleo. Pero, para muchos factores de transcripción, esto es una parte clave en su regulación<ref name="pmid8314906">{{Cita publicación | author= Whiteside ST, Goodbourn S | title = Signal transduction and nuclear targeting: regulation of transcription factor activity by subcellular localisation | journal = Journal of Cell Science | volume = 104 | issue = 4 | pages = 949–55 | date = Apr 1993 | pmid = 8314906 | doi =  }}</ref> Clases importante de los factores de transcripción como algunos [[Receptor nuclear|receptores nucleares]] primero se deben de unir a un [[ligando]] en el citoplasma antes de que puedan trasladarse al núcleo.<ref name="pmid8314906"/>

=== Activación ===

Los factores de transcripción pueden ser actiados (o desacrivados) a través de su '''dominio de detección de señales''' por varios mecanismo que incluyen:
* unión de [[Ligando|ligandos]] – La unión de ligandos no solamente es capaz de influenciar dónde se encuentra un factor de transcripción en la célula sino que también afecta si el factor de transcripción está en estado activo y capaz de unirse al ADN u otros cofactores (ver, por ejemplo, [[Receptor nuclear|receptores nucleares]]).
* [[fosforilación]]<ref name="pmid2149275">{{Cita publicación | author= Bohmann D | title = Transcription factor phosphorylation: a link between signal transduction and the regulation of gene expression | journal = Cancer Cells | volume = 2 | issue = 11 | pages = 337–44 | date = Nov 1990 | pmid = 2149275 | doi =  }}</ref><ref name="pmid17536004">{{Cita publicación | author= Weigel NL, Moore NL | title = Steroid receptor phosphorylation: a key modulator of multiple receptor functions | journal = Molecular Endocrinology | volume = 21 | issue = 10 | pages = 2311–9 | date = Oct 2007 | pmid = 17536004 | doi = 10.1210/me.2007-0101 }}</ref> – Muchos factores de transcripción como las proteínas STAT deben de ser fosforiladas antes de unirse al ADN.
* interacción con otros factores de transcripción (ej. homo o hetero[[Dímero|dimerización]]) o proteínas [[Corregulador de la transcripción|correguladoras]].

=== Accesibilidad al sitio de unión a ADN ===
En eucariontes, el ADN está organizado con la ayuda de [[Histona|histonas]] en partículas compactas llamadas [[Nucleosoma|nucleosomas]], donde secuencias de cerca de 147 bases de ADN hacen ~1.65 vueltas a lrededor de los octámeros proteicos de histonas. El ADN en los nucleosomas es inaccesible a muchos de los factores de transcripción. Algunos factores de transcripción, llamados factores pioneros, sí son capaces de unirse a sus sitios de unión al ADN en el ADN nucleosomal. Para la mayoría del resto de los factores de transcripción, el nucleosoma debe ser activamente desenredado por motores moleculares como remodeladores de cromatina.<ref>{{Cita publicación | author= Teif VB, Rippe K | title = Predicting nucleosome positions on the DNA: combining intrinsic sequence preferences and remodeler activities | journal = Nucleic Acids Research | volume = 37 | issue = 17 | pages = 5641–55 | date = Sep 2009 | pmid = 19625488 | pmc = 2761276 | doi = 10.1093/nar/gkp610 }}</ref> Alternativamente, el nucleosoma puede ser parcialmente abierto por fluctuaciones térmicas, permitiendo un acceso temporal al sitio de unión del factor de transcripción. En muchos casos, un factor de transcripción necesita competir para unirse a sus sitio de unión al ADN contra otros factores de transcripción o histonas y otras proteínas de la cromatina.<ref>{{Cita publicación | author= Teif VB, Rippe K | title = Statistical-mechanical lattice models for protein-DNA binding in chromatin | journal = Journal of Physics. Condensed Matter | volume = 22 | issue = 41 | page = 414105 | date = Oct 2010 | pmid = 21386588 | doi = 10.1088/0953-8984/22/41/414105 | bibcode = 2010JPCM...22O4105T | arxiv = 1004.5514 }}</ref>  Ciertos pares de factores de transcripción y otras proteínas pueden jugar papeles antagonísticos (activadores contra represores) en la regulación del mismo [[gen]].

===  Disponibilidad de otros cofactores/factores de transcripción ===
La mayoría de los factores de transcripción no funcionan solos. Por lo general, para que ocurra la transcripción de un gen, una cierta cantidad de factores de transcripción se deben unir a las secuencias de ADN reguladoras. Este grupo de factores de transcripción reclutan proteínas intermediarias como cofactores que permiten un reclutamiento eficiente del [[Complejo de pre-iniciación|complejo de preinicio]] y la [[ARN polimerasa]]. Por lo tanto, para que un factor de transcripción inicie la transcripción, el resto de las proteínas deben de estar presentes y el factor de transcripción debe de estar en el estado donde se puede unir a ellas si es necesario. Los cofactores son proteínas que modulan los efectos de los factores de transcripción. Estos son intercambiables entre promotores específicos de genes; el complejo proteico que ocupa el promotor de ADN y la secuencia de aminoácidos del cofactor determinan su conformación espacial. Por ejemplo, ciertos receptores esteroideos pueden intercambiar cofactores con [[NF-κB]], el cual es un interruptor entre inflamación y diferenciación celular; por lo que los esteroides pueden afectar la respuesta inflamatoria y función de ciertos tejidos.<ref>{{Cita publicación | author= Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, Zoumpourlis V, Urban RJ, Vlahopoulos SA | date = Jun 2009 | title = Sex steroid receptors in skeletal differentiation and epithelial neoplasia: is tissue-specific intervention possible? | url = | journal = BioEssays | volume = 31 | issue = 6| pages = 629–41 | doi = 10.1002/bies.200800138 | pmid = 19382224 }}</ref>

== Estructura ==
[[File:Transcription factor schematic 2.png|thumb|400px|Diagrama esquemático de la secuencia de aminoácidos (amino terminal a la izquiera y carboxílico a la derecha) de una factor de transcripción prototípico que contiene (1) un dominio de unión a ADN ('''DBD'''), (2) un dominio de detección de señal ('''SSD''') y un dominio de transactivación ('''TAD'''). El orden de posicionamiento y el número de dominios pueden variar en diferentes tipos de factores de transcripción. Además, las funciones de trasnactivación y detección de señal son frecuentemente contenidos bajo el mismo dominio.]]

Los factores de transcripción son modulares en estructura y contienen los siguientes [[Dominio proteico|dominios]]:<ref name="pmid9570129" />
* '''[[Dominio de unión al ADN|Dominio de unión a ADN]]''' ('''DBD'''), el cual se une a secuencias específicas de ADN ([[Enhancer|potenciadores]] o [[Promotor (genética)|promotores]]) adyacentes a los genes regulados. Es un componente necesario para todos los vectores utilizado para dirigir la transcripción de las secuencias promotoras de transgen del vector. Las secuencias de ADNA que unen factores de transcripción se llaman [[Elemento de respuesta a hormonas|'''elementos de respuesta''']]. 
* '''Dominio de transactivación''' ('''TAD'''), el cual contiene sitios de unión para otras proteínas como [[Corregulador de la transcripción|correguladoras de transcripción]]. Estos sitios de unión se conocen como '''funciones activadoras''' ('''AFs''').<ref name="pmid12893880">{{Cita publicación | author= Wärnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson JA | title = Activation functions 1 and 2 of nuclear receptors: molecular strategies for transcriptional activation | journal = Molecular Endocrinology | volume = 17 | issue = 10 | pages = 1901–9 | date = Oct 2003 | pmid = 12893880 | doi = 10.1210/me.2002-0384 }}</ref>
*  Un '''dominio de detección de señal''' ('''SSD''') opcional (''ej.'' un dominio de unión de ligando), el cual detecta señales externas y, como respuesta, trasnmite estas señales al resto del complejo de la transcripción, resultando en la regulación positiva o negativa de la expresión genética. También, el DBD y SSD pueden residir en proteínas diferentes que se asocian en el complejo de la transcripción para regular la expresión genética.

=== Dominio de transactivación ===
TAD es [[Dominio proteico|dominio]] del factor de transcripción que une proteínas como correguladoras de la transcripción. Las proteínas que contienen TAD son Gal4, Gcn4, Oaf1, Leu3, Rtg3, Pho4, Gln3 en levaduras y [[p53]], NFAT, [[NF-κB]] y VP16 en mamíferos.<ref name="pmid17467953">{{Cita publicación | author= Piskacek S, Gregor M, Nemethova M, Grabner M, Kovarik P, Piskacek M | title = Nine-amino-acid transactivation domain: establishment and prediction utilities | journal = Genomics | volume = 89 | issue = 6 | pages = 756–68 | date = Jun 2007 | pmid = 17467953 | doi = 10.1016/j.ygeno.2007.02.003 }}</ref> Muchos TADs son de 9 aminoácidos (presentes en ej. [[p53]], VP16, MLL, E2A, [[HSF1]], [[CEBPB|NF-IL6]], NFAT1 y [[NF-κB]] Gal4, Pdr1, Oaf1, Gcn4, VP16, Pho4, Msn2, Ino2 y P201).

=== Dominio de unión al ADN ===
[[File:LacI Dimer Structure Annotated.png|thumb|300px|'''Ejemplo de arquitectura del dominio: Represor de Lactosa (LacI)'''. El extremo N terminal del dominio de unión al ADN (marcado) del represor lac se une a su objetivo secuencia de ADN (amarillo) en el surco mayor usando el motivo [[hélice-giro-hélice]]. La unión de la molécula efectora (verde) ocurre en el centro del domino (marcado), una señal del dominio de sentido. Este ocasiona una respuesta alostérica mediada por la región de unión (marcada).]]
La parte ([[Dominio proteico|dominio]]) del factor de transcripción que se une al ADN se llama dominio de unión al ADN. A continuación está una lista parcial de algunas de las familias más importantes de los dominios de unión al ADN/factores de transcripción:

{| class="wikitable"
|-
! style="width:300pt;" | Familia
! style="width:100pt;" | [[InterPro]]
! style="width:100pt;" | [[Pfam]]
! style="width:100pt;" | SCOP
|-
| [[Hélice-bucle-hélice|hélice-giro-hélice básico]]<ref name="pmid7553065">{{Cita publicación | author= Littlewood TD, Evan GI | title = Transcription factors 2: helix-loop-helix | journal = Protein Profile | volume = 2 | issue = 6 | pages = 621–702 | year = 1995 | pmid = 7553065 | doi =  }}</ref>
| {{InterPro|IPR001092}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF00010 PF00010]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.b.fd.b.b.html 47460]
|-
| zipper de leucina básico (bZIP)<ref name="pmid12192032">{{Cita publicación | author= Vinson C, Myakishev M, Acharya A, Mir AA, Moll JR, Bonovich M | title = Classification of human B-ZIP proteins based on dimerization properties | journal = Molecular and Cellular Biology | volume = 22 | issue = 18 | pages = 6321–35 | date = Sep 2002 | pmid = 12192032 | pmc = 135624 | doi = 10.1128/MCB.22.18.6321-6335.2002 }}</ref>
| {{InterPro|IPR004827}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF00170 PF00170]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.i.b.d.A.html 57959]
|-
| dominio efector del extremo C de los reguladores de la respuesta bipartita
| {{InterPro|IPR001789}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF00072 PF00072]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.b.j.f.html 46894]
|-
| caja GCC
| 
| 
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.e.be.b.d.A.html 54175]
|-
| [[hélice-giro-hélice]]<ref name="pmid8831795">{{Cita publicación | author= Wintjens R, Rooman M | title = Structural classification of HTH DNA-binding domains and protein-DNA interaction modes | journal = Journal of Molecular Biology | volume = 262 | issue = 2 | pages = 294–313 | date = Sep 1996 | pmid = 8831795 | doi = 10.1006/jmbi.1996.0514 }}</ref>
| 
| 
|
|-
| proteínas de [[homeodominio]], las cuales son codificados por los genes [[homeobox]], son factores de transcripción. Proteínas de homeodominios son críticas en la regulación del [[Biología del desarrollo|desarrollo]].<ref name="pmid7979246">{{Cita publicación | author= Gehring WJ, Affolter M, Bürglin T | title = Homeodomain proteins | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 63 | issue =  | pages = 487–526 | year = 1994 | pmid = 7979246 | doi = 10.1146/annurev.bi.63.070194.002415 }}</ref><ref name="pmid 26464018">{{Cita publicación | author= Bürglin TR, Affolter M | title = Homeodomain proteins: an update | journal = Chromosoma | volume = Oct 13 | issue =  | date = Oct 2015 | pmid = 26464018 | doi = 10.1007/s00412-015-0543-8 | url = http://link.springer.com/article/10.1007/s00412-015-0543-8 }}</ref> 
| {{InterPro|IPR009057}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF00046 PF00046]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.b.j.b.html 46689]
|-
| [[Fago λ|represor tipo lambda]]
| {{InterPro|IPR010982}}
| 
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.b.fa.b.html 47413]
|-
| srf-like ([[factor de respuesta al suero]])
| {{InterPro|IPR002100}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF00319 PF00319]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.e.caa.b.A.html 55455]
|-
| [[Pax (gen)|genes Pax]]<ref name="pmid9297966">{{Cita publicación | author= Dahl E, Koseki H, Balling R | title = Pax genes and organogenesis | journal = BioEssays | volume = 19 | issue = 9 | pages = 755–65 | date = Sep 1997 | pmid = 9297966 | doi = 10.1002/bies.950190905 }}</ref>
| 
| 
|
|-
| hélice alada
| {{InterPro|IPR013196}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF08279 PF08279]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.b.j.e.html 46785]
|-
| [[Dedo de cinc|dedos de zinc]]<ref name="pmid11179890">{{Cita publicación | author= Laity JH, Lee BM, Wright PE | title = Zinc finger proteins: new insights into structural and functional diversity | journal = Current Opinion in Structural Biology | volume = 11 | issue = 1 | pages = 39–46 | date = Feb 2001 | pmid = 11179890 | doi = 10.1016/S0959-440X(00)00167-6 }}</ref>
| 
| 
|
|-
| * multi-dominios Cys<sub>2</sub>His<sub>2</sub> dedos de zinc<ref name="pmid10940247">{{Cita publicación | author= Wolfe SA, Nekludova L, Pabo CO | title = DNA recognition by Cys2His2 zinc finger proteins | journal = Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure | volume = 29 | issue =  | pages = 183–212 | year = 2000 | pmid = 10940247 | doi = 10.1146/annurev.biophys.29.1.183 }}</ref>
| {{InterPro|IPR007087}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF00096 PF00096]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.h.fc.b.html 57667]
|-
| * Zn<sub>2</sub>/Cys<sub>6</sub>
| 
| 
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.h.fd.b.A.html 57701]
|-
| * Zn<sub>2</sub>/Cys<sub>8</sub> [[receptor nuclear]] de dedo de zinc
| {{InterPro|IPR001628}}
| [http://pfam.xfam.org/family/PF00105 PF00105]
| [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.h.fe.b.html 57716]
|}

=== Elementos de respuesta ===

La secuencia de ADN a la que se une un factor de transcripción se conoce como el sitio de unión del factor de transcripción o elemento de respuesta.<ref name="pmid15711128">{{Cita publicación | author= Wang JC | title = Finding primary targets of transcriptional regulators | journal = Cell Cycle | volume = 4 | issue = 3 | pages = 356–8 | date = Mar 2005 | pmid = 15711128 | doi = 10.4161/cc.4.3.1521 | url = http://www.landesbioscience.com/journals/cc/abstract.php?id=1521 }}</ref>

Los factores de transcripción interactúan con su sitio de unión utilizando una combinación de [[Fuerza electrostática|fuerzas electrostáticas]] (de las cuales los [[Fuerza por puente de hidrógeno|puentes de hidrógeno]] son un caso especial) y de [[Fuerzas de Van der Waals|Van der Waals]]. Debido a la naturaleza de estas interacciones químicas, la mayoría de los factores de transcripción se unen al ADN de manera secuencial específica. Sin embargo, no todas las [[Base nitrogenada|bases]] en el sitio de unión del factor de transcripción tienen que interactuar con el factor de transcripción. Además, algunas de estas interacciones pueden ser más débiles que otras. Por lo tanto, los factores de transcripción no se unen a solamente una secuencia sino que son capaces de unirse a un grupo de secuencias relacionadas, cada una con una fuerza de interacción diferente.

Por ejemplo, aunque el sitio de unión concenso para la [[proteína de unión a TATA]] (TBP) es TATAAAA, el factor de transcripción TBP se puede unir a secuencia similares como TATATAT o TATATAA.

Como los factores de transcripción se pueden unir a secuencias semejantes y estas secuencias tienden a ser cortas, sitios potenciales de unión de los factores de transcripción pueden ocurrir al azar si el ADN es lo suficientemente largo. Es raro, de todos modos, que un factor de transcripción se una a todas las secuencias compatibles en el [[genoma]] de una [[célula]]. Otras restricciones, como las accesibilidad al ADN en la célula o la disponibilidad de los cofactores, pueden dictar dónde se unirá un factor de transcripción. Así, dada la secuencia del genoma, permanece siendo difícil predecir dónde se unirá un factor de transcripción en una célula viva.

La especificidad adicional de reconocimiento puede ser obtenido a través del uso de más de un dominio de unión al ADN (por ejemplo, DBDs en tándem en el mismo factor de transcripción o a través de la dimerización de dos factores de transcripción) que una dos o más secuencias adyacentes de ADN.

== Importancia clínica ==
Los factores de transcripción son de relevancia clínica por al menos dos razones: (1) mutaciones pueden ser asociadas con enfermedades específicas y (2) pueden ser objetivos de medicamentos.

===Enfermedades===
Debido a su importancia en el desarrollo, la señalización intercelular y el ciclo celular, algunas enfermedades humanas han sido asociadas a [[Mutación|mutaciones]] en los factores de transcripción.<ref name="isbn0-19-511239-3">{{cite book | author = Semenza, Gregg L. | title = Transcription factors and human disease | edition = | publisher = Oxford University Press | location = Oxford [Oxfordshire] | year = 1999 | pages = | isbn = 0-19-511239-3 | oclc = | doi = | url = }}</ref>

Muchos factores de transcripción son [[Oncogén|oncogenes]] o [[Gen supresor tumoral|supresores de tumores]] y, por lo tanto, mutaciones o regulaciones anormales son asociadas al cáncer. Se conocen tres grupos de factores de transcripción que son impotantes en el cáncer humano: (1) familias [[NF-κB]] y AP-1, (2) la familia STAT y (3) los [[Receptor de hormonas esteroideas|receptores esteroideos]].<ref name="pmid16475943">{{Cita publicación | author= Libermann TA, Zerbini LF | title = Targeting transcription factors for cancer gene therapy | journal = Current Gene Therapy | volume = 6 | issue = 1 | pages = 17–33 | date = Feb 2006 | pmid = 16475943 | doi = 10.2174/156652306775515501 }}</ref>

A continuación hay otros ejemplos estudiados:

{| class="wikitable"
|-
! Condición
! Descripción
! Locus
|-
| [[Síndrome de Rett]]
| Mutaciones en el factor de transcripción MECP2 están asociadas al [[síndrome de Rett]], una enfermedad del neurodesarrollo.<ref name="pmid16647848">{{Cita publicación | author= Moretti P, Zoghbi HY | title = MeCP2 dysfunction in Rett syndrome and related disorders | journal = Current Opinion in Genetics & Development | volume = 16 | issue = 3 | pages = 276–81 | date = Jun 2006 | pmid = 16647848 | doi = 10.1016/j.gde.2006.04.009 }}</ref><ref name="pmid17317146">{{Cita publicación | author= Chadwick LH, Wade PA | title = MeCP2 in Rett syndrome: transcriptional repressor or chromatin architectural protein? | journal = Current Opinion in Genetics & Development | volume = 17 | issue = 2 | pages = 121–5 | date = Apr 2007 | pmid = 17317146 | doi = 10.1016/j.gde.2007.02.003 }}</ref>
| Xq28
|-
| [[Diabetes]]
| Una forma rara de [[diabetes]] llamada [[MODY]] (por sus siglas en inglés, Maturity Onset Diabetes of the Young) puede ser causada por mutaciones en los factores nucleares de hepatocitos (HNFs)<ref name="pmid17923767">{{Cita publicación | author= Maestro MA, Cardalda C, Boj SF, Luco RF, Servitja JM, Ferrer J | title = Distinct roles of HNF1beta, HNF1alpha, and HNF4alpha in regulating pancreas development, beta-cell function and growth | journal = Endocrine Development | volume = 12 | issue =  | pages = 33–45 | year = 2007 | pmid = 17923767 | doi = 10.1159/0000109603 | doi_brokendate = 2015-01-01 }}</ref> o del [[PDX1|factor-1 del promotor de insulina]] (IPF1/Pdx1).<ref name="pmid18360684">{{Cita publicación | author= Al-Quobaili F, Montenarh M | title = Pancreatic duodenal homeobox factor-1 and diabetes mellitus type 2 (review) | journal = International Journal of Molecular Medicine | volume = 21 | issue = 4 | pages = 399–404 | date = Apr 2008 | pmid = 18360684 | doi = 10.3892/ijmm.21.4.399 | url = http://www.spandidos-publications.com/ijmm/article.jsp?article_id=ijmm_21_4_399 }}</ref>
| múltiple
|-
| Dispraxia verbal del desarrollo
| Mutaciones en el factor de transcripción [[FoxP2|FOXP2]] se asocian a la dispraxia verbal del desarrollo, una enfermedad donde los individuos son incapaces de producir movimientos finamente coordinados requeridos para el habla.<ref name="pmid17330859">{{Cita publicación | author= Lennon PA, Cooper ML, Peiffer DA, Gunderson KL, Patel A, Peters S, Cheung SW, Bacino CA | title = Deletion of 7q31.1 supports involvement of FOXP2 in language impairment: clinical report and review | journal = American Journal of Medical Genetics Part A | volume = 143A | issue = 8 | pages = 791–8 | date = Apr 2007 | pmid = 17330859 | doi = 10.1002/ajmg.a.31632 }}</ref>
| 7q31
|-
| [[Enfermedad autoinmune|Enfermedades autoimmunes]]
| Mutaciones en el factor de transcripción FOXP3 causan una forma rara de enfermedades autoinmunes conocida como [[Enfermedad autoinmune|IPEX]].<ref name="pmid18317533">{{Cita publicación | author= van der Vliet HJ, Nieuwenhuis EE | title = IPEX as a result of mutations in FOXP3 | journal = Clinical & Developmental Immunology | volume = 2007 | issue =  | page = 89017 | year = 2007 | pmid = 18317533 | pmc = 2248278 | doi = 10.1155/2007/89017 }}</ref>
| Xp11.23-q13.3
|-
| [[Síndrome de Li-Fraumeni]]
| Causada por mutaciones en el supresor de tumores [[p53]].<ref name="pmid15917654">{{Cita publicación | author= Iwakuma T, Lozano G, Flores ER | title = Li-Fraumeni syndrome: a p53 family affair | journal = Cell Cycle | volume = 4 | issue = 7 | pages = 865–7 | date = Jul 2005 | pmid = 15917654 | doi = 10.4161/cc.4.7.1800 | url = http://www.landesbioscience.com/journals/cc/abstract.php?id=1800 }}</ref>
| 17p13.1
|-
| [[Cáncer de mama]]
| La familia STAT es relevante en el cáncer de mama.<ref>[http://ajp.amjpathol.org/cgi/content/full/165/5/1449 "Roles and Regulation of Stat Family Transcription Factors in Human Breast Cancer" 2004]{{dead link|date=January 2016}}</ref>
| múltiple
|-
| Múltiples cánceres
| La familia [[Genes Hox|HOX]] es involucrada en una variedad de cánceres.<ref>[http://www.ias.surrey.ac.uk/reports/hox-report.html "Transcription factors as targets and markers in cancer" Workshop 2007]</ref>
| múltiple
|}

=== Objetivos potenciales de los medicamentos ===
Aproximadamente el 10% de los medicamentos actualmente prescritos tienen como objetivo al [[receptor nuclear]].<ref name="pmid17139284">{{Cita publicación | author= Overington JP, Al-Lazikani B, Hopkins AL | title = How many drug targets are there? | journal = Nature Reviews. Drug Discovery | volume = 5 | issue = 12 | pages = 993–6 | date = Dec 2006 | pmid = 17139284 | doi = 10.1038/nrd2199 }}</ref> Otros ejemplos son [[tamoxifeno]] y bicalutamida para el tratamiento de cáncer de mama y próstata, respectivamente, y varios tipos de esteroides [[Antiinflamatorio|antiinflamatorios]] y [[Esteroide anabólico|anabólicos]].<ref>{{Cita publicación | author= Gronemeyer H, Gustafsson JA, Laudet V | title = Principles for modulation of the nuclear receptor superfamily | journal = Nature Reviews. Drug Discovery | volume = 3 | issue = 11 | pages = 950–64 | date = Nov 2004 | pmid = 15520817 | doi = 10.1038/nrd1551 }}</ref> Además, los factores de transcripción son comúnmente modulados indirectamente por medicamnetos a través de cascadas de señalización. Se cree que es posible afectar otros factores de transcripción menos investigados como [[NF-κB#As a drug target|NF-κB]] con medicamentos.<ref name="pmid8049612">{{Cita publicación | author= Bustin SA, McKay IA | title = Transcription factors: targets for new designer drugs | journal = British Journal of Biomedical Science | volume = 51 | issue = 2 | pages = 147–57 | date = Jun 1994 | pmid = 8049612 | doi =  }}</ref><ref name="pmid7549464">{{Cita publicación | author= Butt TR, Karathanasis SK | title = Transcription factors as drug targets: opportunities for therapeutic selectivity | journal = Gene Expression | volume = 4 | issue = 6 | pages = 319–36 | year = 1995 | pmid = 7549464 | doi =  }}</ref><ref name="pmid9755455">{{Cita publicación | author= Papavassiliou AG | title = Transcription-factor-modulating agents: precision and selectivity in drug design | journal = Molecular Medicine Today | volume = 4 | issue = 8 | pages = 358–66 | date = Aug 1998 | pmid = 9755455 | doi = 10.1016/S1357-4310(98)01303-3 }}</ref><ref name="pmid15790306">{{Cita publicación | author= Ghosh D, Papavassiliou AG | title = Transcription factor therapeutics: long-shot or lodestone | journal = Current Medicinal Chemistry | volume = 12 | issue = 6 | pages = 691–701 | year = 2005 | pmid = 15790306 | doi = 10.2174/0929867053202197 }}</ref> Los factores de transcripción fuera de la familia de receptores nucleares son pensados que son objetivos más dificíles con terapias de [[Molécula pequeña|moléculas pequeñas]] ya que no es claro que sean "[[Diseño de fármaco|medicables]]" pero se ha hecho progreso en la [[ruta de señalización Notch]].<ref name="pmid19907488">{{Cita publicación | author= Moellering RE, Cornejo M, Davis TN, Del Bianco C, Aster JC, Blacklow SC, Kung AL, Gilliland DG, Verdine GL, Bradner JE | title = Direct inhibition of the NOTCH transcription factor complex | journal = Nature | volume = 462 | issue = 7270 | pages = 182–8 | date = Nov 2009 | pmid = 19907488 | pmc = 2951323 | doi = 10.1038/nature08543 | laysummary = http://www.the-scientist.com/blog/display/56143/ | laysource = The Scientist | bibcode = 2009Natur.462..182M }}</ref>

== Papel en la evolución ==

Duplicaciones genéticas han sido cruciales para la [[evolution|evolución]] de la especie. Esto se aplica particularmente a los factores de transcripción. Una vez que ocurren duplicados, las mutaciones acumuladas que codifican para una copia puede ocurrir sin afectar negativamente la regulación de objetivos río abajo. Sin embargo, cambios de las especificidades de unión al ADN de la única copia del factor de transcripción LEAFY, que ocurre en la mayoría de las plantas terrestres, han sido explicadas. En ese aspecto, una única copia del factor de transcripción puede experimentar un cambio de especificidad a través de intermediarios promiscuos sin perder su función. Mecanismo similares han sido propuestos en el contexto de todas la hipótesis filogenéticas alternativas, y el papel de los factores de transcripción en la evolución de todas las especies.<ref name="pmid24436181">{{Cita publicación | author= Sayou C, Monniaux M, Nanao MH, Moyroud E, Brockington SF, Thévenon E, Chahtane H, Warthmann N, Melkonian M, Zhang Y, Wong GK, Weigel D, Parcy F, Dumas R | title = A promiscuous intermediate underlies the evolution of LEAFY DNA binding specificity | journal = Science (New York, N.Y.) | volume = 343 | issue = 6171 | pages = 645–8 | year = 2014 | pmid = 24436181 | doi = 10.1126/science.1248229 }}</ref><ref name="MBE_1767">{{Cita publicación | author= Jin J, He K, Tang X, Li Z, Lv L, Zhao Y, Luo J, Gao G | title = An Arabidopsis Transcriptional Regulatory Map Reveals Distinct Functional and Evolutionary Features of Novel Transcription Factors | journal = Molecular Biology and Evolution | volume = 32 | issue = 7 | pages = 1767–73 | year = 2015 | pmid = 25750178 | pmc = 4476157 | doi = 10.1093/molbev/msv058 }}</ref>

== Análisis ==

Hay diferentes tecnologías disponibles para analizar los factores de transcripción. A nivel [[Genoma|genómico]], [[Secuenciación del ADN|secuenciación]] de ADN<ref>[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez EntrezGene database]</ref> e investigación por bases de datos se utilizan comúnmente.<ref name="pmid16845064">{{Cita publicación | author= Grau J, Ben-Gal I, Posch S, Grosse I | title = VOMBAT: prediction of transcription factor binding sites using variable order Bayesian trees | journal = Nucleic Acids Research | volume = 34 | issue = Web Server issue | pages = W529–33 | year = 2006 | pmid = 16845064 | pmc = 1538886 | doi = 10.1093/nar/gkl212 | url = http://www.eng.tau.ac.il/~bengal/VOMBAT.pdf }}</ref> La versión proteica del factor de transcripción es detectable por [[Anticuerpo|anticuerpos]] específicos. La muestra se detecta con un [[western blot]]. Utilizando un [[Ensayo de cambio en la corrida electroforética|EMSA]] (electrophoretic mobility shift assay),<ref name="pmid:18591661">{{Cita publicación | author= Wenta N, Strauss H, Meyer S, Vinkemeier U | title = Tyrosine phosphorylation regulates the partitioning of STAT1 between different dimer conformations | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 105 | issue = 27 | pages = 9238–43 | date = Jul 2008 | pmid = 18591661 | pmc = 2453697 | doi = 10.1073/pnas.0802130105 | bibcode = 2008PNAS..105.9238W }}</ref> se puede detectar el perfil de activación de los factores de transcripción. Un enfoque múltiple para el perfil de activación es un microarreglo de factored de transcripción donde varios de estos pueden ser detectados en paralelo. Esta tecnología se basa en [[Chip de ADN|microarreglos]] de ADN,  proporcionando la secuencia específica de unión al ADN para la proteína del factor de transcripción en la superficie del arreglo.<ref name="pmid:18366759">{{Cita publicación | author= Sermeus A, Cosse JP, Crespin M, Mainfroid V, de Longueville F, Ninane N, Raes M, Remacle J, Michiels C | title = Hypoxia induces protection against etoposide-induced apoptosis: molecular profiling of changes in gene expression and transcription factor activity | journal = Molecular Cancer | volume = 7 | page = 27 | year = 2008 | pmid = 18366759 | pmc = 2330149 | doi = 10.1186/1476-4598-7-27 }}</ref>

== Clases ==

Como es descrito a ás detalle a continuación, los factores de transcripción pueden ser clasificados por su (1) mecanismo de acción, (2) función regulatoria o (3) homología de secuencia (y por lo tanto, similaridad estructural) en sus dominios de unión al ADN.

=== Mecanística ===

Hay tres clases mecanísticas de los factores de transcripción:

*Factores generales de la transcripción: involucrados en la formación del [[Complejo de pre-iniciación|complejo de preinico]]. Los más comunes son TFIIA, [[TFIIB]], [[TFIID]], TFIIE, TFIIF y TFIIH.  Son ubicuos e interactúan con su la región del promotor basal alrededor del sitio de inicio de la transcripción de odas las clases II de genes.<ref name="pmidc">{{Cita publicación | author= Orphanides G, Lagrange T, Reinberg D | title = The general transcription factors of RNA polymerase II | journal = Genes & Development | volume = 10 | issue = 21 | pages = 2657–83 | date = Nov 1996 | pmid = 8946909 | doi = 10.1101/gad.10.21.2657 }}</ref>
*'''Los factores de transcripción río arriba''' son proteínas que se unen en algún lugar río arriba del sitio de inicio para estimular o reprimir la transcripción. Son casi sinónimos con los '''factores de transcripción específicos''', porque varían considerablemente dependiendo de la [[secuencia de reconocimiento]] presente en la proximidad del gen.<ref name=boron125-126>{{cite book |author=Walter F. Boron |title=Medical Physiology: A Cellular And Molecular Approaoch |publisher=Elsevier/Saunders |location= |year=2003 |pages=125–126 |isbn=1-4160-2328-3 |oclc= |doi=}}</ref>

{|class="wikitable"
!colspan=4| Ejemplos de factores de transcripción específicos<ref name=boron125-126/>
|-
! Factor !! Tipo estructural !! [[Secuencia de reconocimiento]] !! Se une como
|-
! [[Sp1|SP1]] 
| [[Dedo de cinc|Dedo de zinc]] || [[Direccionalidad|5']]-GGGCGG-[[Direccionalidad|3']] || Monómero
|-
! [[Factor de transcripción AP-1|AP-1]] 
| [[Cremallera de leucina|Cremallera básica]] || 5'-TGA(G/C)TCA-3' || Dímero
|-
! C/EBP 
| [[Cremallera de leucina|Cremallera básica]] || 5'-ATTGCGCAAT-3' || Dímero
|-
! HSF 
| [[Cremallera de leucina|Cremallera básica]] || 5'-XGAAX-3' || Trímero
|-
! ATF/CREB 
| [[Cremallera de leucina|Cremallera básica]] || 5'-TGACGTCA-3' || Dímero
|-
! [[Myc|c-Myc]] 
| [[Hélice-bucle-hélice|Hélice-giro-hélice básico]] 
| 5'-CACGTG-3' || Dímero
|-
! [[POU2F1|Oct-1]] 
| [[Hélice-giro-hélice]] || 5'-ATGCAAAT-3' || Monómero
|-
! NF-1 
| Nuevo || 5'-TTGGCXXXXXGCCAA-3' || Dímero
|-
|colspan=4| (G/C) = G or C <br> X = [[Adenina|A]], [[Timina|T]], [[Guanina|G]] o [[Citosina|C]]
|}

=== Funcional ===

Los factores de transcripción han sido clasificados acorde a su función regulatoria:<ref name="pmid11823631" />
* I. '''constitutivamente activo''' – presentes en todas las células todo el tiempo – factores generales de la transcripción, [[Sp1]], NF1, CCAAT
* II. '''condicionalmente activo''' – requiere activación
** II.A '''de desarrollo''' (específico de la célula) –  la expresión es controlada fuertemente, pero una vez expresados, no requiere de activación adicional  – GATA, HNF, PIT-1, [[MyoD]], Myf5, [[Genes Hox|Hox]], Hélice alada
** II.B '''dependiente de señal''' – requiere una señal externa para su activación
*** II.B.1 '''dependiente de ligando extracelular ([[Sistema endocrino|endócrino]] o parácrino)''' – receptores nucleares
*** II.B.2  '''dependiente de ligando''' '''intracelular''' '''(autócrino)''' - activado por pequeñas moléculas intercelulares – SREBP, [[p53]], receptores nucleares húerfanos
*** II.B.3 '''dependeitne de membrana celular''' – cascadas de señalización de segundo mensajero que resultan en la fosforilación del factor de transcripción
**** II.B.3.a '''factores residentes nucleares''' – residen en el núcleo independientemente de su estado de activación – [[CREB]], AP-1, Mef2
**** II.B.3.b '''factores latentes citoplásmicos''' – la forma inactiva reside en el citoplasma, pero activados se trnaslocan al núcleo – STAT, [[R-SMAD]], [[NF-κB]], Notch, TUBBY, NFAT

=== Etructural ===

Los factores de transcripción son normalmente clasificados basados en su similaridad de la secuencia y por lo tanto la [[Estructura terciaria de las proteínas|estructura terciaria]] de sus dominios de unión a ADN:<ref name="pmid15706513">{{Cita publicación|author=Stegmaier P, Kel AE, Wingender E |title=Systematic DNA-binding domain classification of transcription factors |journal=Genome Informatics. International Conference on Genome Informatics |volume=15 |issue=2 |pages=276–86 |year=2004 |pmid=15706513 |doi= |url=http://www.jsbi.org/journal/GIW04/GIW04F028.html |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20130619202726/http://www.jsbi.org/journal/GIW04/GIW04F028.html |archivedate=19 June 2013 }}</ref><ref name="pmid16381825">{{Cita publicación | author= Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E | title = TRANSFAC and its module TRANSCompel: transcriptional gene regulation in eukaryotes | journal = Nucleic Acids Research | volume = 34 | issue = Database issue | pages = D108-10 | date = Jan 2006 | pmid = 16381825 | pmc = 1347505 | doi = 10.1093/nar/gkj143 }}</ref><ref>{{cite web|title=TRANSFAC database|url=http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html|accessdate = 5 August 2007}}</ref>

*1 Súperclase: Dominios básicos
**1.1 Clase: factores de [[cremallera de leucina]] factors (bZIP)
***1.1.1 Familia: Componentes (tipo) AP-1; incluye ([[c-Fos]]/[[c-Jun]])
***1.1.2 Familia: [[CREB]]
***1.1.3 Familia: Factores tipo C/EBP
***1.1.4 Familia: bZIP / PAR
***1.1.5 Familia: Factores de unión G-box de planta
***1.1.6 Familia: ZIP solo
**1.2 Clase: Factores hélice-giro-hélice (bHLH)
***1.2.1 Familia: Factores ubicuos (Clase A)
***1.2.2 Familia: Factores de transcripción myogénica ([[MyoD]])
***1.2.3 Familia: Achaete-Scute
***1.2.4 Familia: Tal/Twist/Atonal/Hen
**1.3 Clase: Factores hélice-giro-hélice / [[cremallera de leucina]] (bHLH-ZIP)
***1.3.1 Familia: Factore ubicuos bHLH-ZIP; incluye USF  ([[USF1]], USF2); SREBP (SREBP)
***1.3.2 Familia: Factores del control del ciclo celular; incluye [[Myc|c-Myc]]
**1.4 Clase: NF-1
***1.4.1 Familia: NF-1  (A, B, C, X)
**1.5 Clase: RF-X
***1.5.1 Familia: RF-X (1,2,3,4,5, ANK)
**1.6 Clase: bHSH
*2 Súperclase: Dominio de unión a ADN coordinado por zinc
**2.1 Clase: [[Dedo de cinc|Dedos de zinc]] Cys4 de tipo [[receptor nuclear]]
***2.1.1 Familia: [[Receptor de hormonas esteroideas|Receptor de hormona esteroidea]]
***2.1.2 Familia: Factores de tipo receptor de hormona tiroidea
**2.2 Clase: Diversos dedos de zinc Cys4
***2.2.1 Familia: Factores GATA
**2.3 Clase: Dominio dedo de zinc Cys2His2
***2.3.1 Familia: Factores ubicuos, incluye TFIIIA, [[Sp1]]
***2.3.2 Familia: Reguladores del desarrollo/ ciclo celular; incluye [[Krüppel]]
***2.3.4 Familia: Factores grandes con propiedades de unión tipo NF-6B
**2.4 Clase: Grupo Cys6 cysteina-zinc
**2.5 Clase: Composición alternada de dedos de zinc
*3 Súperclase: [[Hélice-giro-hélice]]
**3.1 Clase: [[Homeobox|Homeodominio]]
***3.1.1 Familia: Solo homeodominio; incluye Ubx
***3.1.2 Familia: Factores de dominio POU; incluye Oct
***3.1.3 Familia: Homeodominio con la región LIM
***3.1.4 Familia: Homeodominio más motivos de dedo se zinc
**3.2 Clase: Caja apareada
***3.2.1 Familia: Homeodominio apareado
***3.2.2 Familia: Dominio apareado solo
**3.3 Clase: Fox / Hélice alada
***3.3.1 Familia: Reguladores del desarrollo; incluye a Fox
***3.3.2 Familia: Reguladores específicos de tejidos
***3.3.3 Familia: Factores de control del ciclo celular
***3.3.0 Familia: Otros reguladores
**3.4 Clase: Factores de choque de calor
***3.4.1 Familia: HSF
**3.5 Clase: Cúmulos de triptófano
***3.5.1 Familia: Myb
***3.5.2 Familia: Tipo Ets
***3.5.3 Familia: Factores reguladores de interferón
**3.6 Clase: Dominio TEA
***3.6.1 Familia: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4)
*4 Súperclase: Factores beta-Andamio con Contactos Menores
**4.1 Clase: RHR (Region de homología Rel)
***4.1.1 Familia: Rel/ankirin; [[NF-κB|NF-kappaB]]
***4.1.2 Familia: ankirin solo
***4.1.3 Familia: NFAT (Factor Nuclear de células T Activadas) (NFATC1, NFATC2, NFATC3)
**4.2 Clase: STAT
***4.2.1 Familia: STAT
**4.3 Clase: p53
***4.3.1 Familia: [[p53]]
**4.4 Clase: [[MADS-box|Caja MADS]]
***4.4.1 Familia: Reguladores de diferenciación; incluye a (Mef2)
***4.4.2 Familia: Respuest a señales externas, SRF ([[Factor de respuesta al suero|Factor de respuesta a suero]])  ({{gene|SRF}})
***4.4.3 Familia: Reguladores metabólicos (ARG80)
**4.5 Clase: Factores de transcripción beta-barril alpha-hélice
**4.6 Clase: [[Proteína de unión a TATA|Proteínas de unión a TATA]]
***4.6.1 Familia: TBP
**4.7 Clase: HMG-box
***4.7.1 Familia: Genes SOX, [[SRY]]
***4.7.2 Familia: TCF-1 ([[HNF1A|TCF1]])
***4.7.3 Familia: Relacionado a HMG2, SSRP1
***4.7.4 Familia: UBF
***4.7.5 Familia: MATA
**4.8 Clase: Factores heteroméricos CCAAT 
***4.8.1 Familia: Factores heteroméricos CCAAT 
**4.9 Clase: Grainyhead
***4.9.1 Familia: Grainyhead
**4.10 Clase: Factores de choque de frío
***4.10.1 Familia: csd
**4.11 Clase: Runt
***4.11.1 Familia: Runt
*0 Súperclase: Otros factores de transcripción
**0.1 Clase: Proteínas de puño de cobre
**0.2 Clase: HMGI(Y) (HMGA1)
***0.2.1 Familia: HMGI(Y)
**0.3 Clase: Domion de bolsillo
**0.4 Clase: Factores tipo E1A
**0.5 Clase: Factores relacionados AP2/EREBP
***0.5.1 Familia: AP2
***0.5.2 Familia: EREBP
***0.5.3 Súperfamilia: AP2/B3
****0.5.3.1 Familia: ARF
****0.5.3.2 Familia: ABI
****0.5.3.3 Familia: RAV

== Ver también ==
* [[Receptor nuclear]], una clase de factores de transcripción activados por ligandos
== Referencias ==
{{reflist|35em}}

== Enlaces externos ==
* {{MeshName|Transcription+Factors}}
* [http://transcriptionfactor.org/ Base de datos de factores de transcripción]
* [http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/ Base de datos de factores de transcripción de plantas y Datos de regulación transcripcional y Plataforma de análisis]