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El campeonato ecuatoriano de Fútbol de Segunda Categoría 1988 fue la edición No. 15 de la segunda división del fútbol ecuatoriano, este seria oficialmente el último torneo en considerarse como el segundo escalafón de la pirámide del Fútbol Ecuatoriano ya que para la temporada de 1989, nuevamente sería considerado como el tercer escalón de la pirámide del Fútbol Ecuatoriano, tal como se había acordado hace 1 año en congreso ordinario de la Federación Ecuatoriana de Fútbol, en el caso del ascenso para la Serie B 1989, se decidió que ascendieran los 3 equipos que terminansen en los 3 primeros puestos de la liguilla, en caso de que terminasen con mismo puntaje se decidiría al campeón por medio del gol diferencia para que el torneo no se hiciera lo suficientemente largo tal como ocurrió en la edición de 1985[1].
La Primera Fase está formada por los Campeonatos provinciales organizados por cada Asociación de Fútbol (10 en ese entonces), los campeones y vicecampeones clasificarán al Zonal Regional.
Fase regional (Segunda Etapa)
La Zona 1 estuvo integrada por las provincias deːGuayas y Esmeraldas.
La Zona 2 estuvo integrada por las provincias deːEl Oro y Cañar.
La Zona 3 estuvo integrada por las provincias deːLoja y Azuay.
Cada zona jugara con 4 equipos de las 2 provincias que participaran por sorteo previo en encuentros de ida y vuelta, clasificaran a la tercera etapa el equipo con mayor cantidad de puntos posibles.
Fase final (Tercera Etapa)
Un total de 6 clubes jugarán esta etapa.
El hexagonal constará con partidos de ida y vuelta (10 fechas).
Los tres equipos que logren la mayoría de puntos lograran el ascenso a la Serie B 1989, en caso de igualdad de puntos entre los 2 primeros equipos mejor posicionados o los 3 equipos que lograran el ascenso se conocerá al campeón por medio del gol diferencia.
Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol