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Joel Asaph Allen (19 de julio de 1838 - 29 de agosto de 1921) fue un zoólogo y ornitólogo norteamericano.
Estudió en la Universidad de Harvard bajo la dirección de Louis Agassiz. Participó en una expedición a Brasil y en varias otras por el interior de los Estados Unidos. En 1873 estuvo al frente de los naturalistas de la expedición de la North Pacific Railroad desde Bismarck, Dakota del Norte a Yellowstone y vuelta para el Smithsonian.
Allen fue el primer conservador de aves y mamíferos del American Museum of Natural History (de 1885 en adelante) y posteriormente fue el primer director del Departamento de Ornitología.
En 1886, fue uno de los primeros en incorporarse a la primera Audubon Society, Nueva York.
Autor de The Influence of Physical Conditions on the Genesis of Species (1905)