Se funda en 1962 con el nombre de Club Deportivo Bidasoa de Irun por José Miguel Arana. Según fue pasando el tiempo, el equipo se fue asentando poco a poco en la División de Honor, hasta que a finales de los años 80, el equipo empezó a tener resultados destacables antes rivales de mayor entidad. Este periodo, de la mano del patrocinador Chocolates Elgorriaga, se culminó con la consecución del campeonato de Liga de la temporada 86/87.
La liga conseguida en 1986 inició un período muy fructífero, consiguiendo otra liga (94/95), dos Copas del Rey (90/91 y 95/96), una copa ASOBAL (92/93). A nivel europeo, cabe destacar la consecución de la Copa de Europa (94/95), que junto con la Recopa de Europa (96/97) llevaron al equipo a ser un referente en Europa y un rival a batir en la máxima competición europea.Todo ello se consiguió teniendo de patrocinador a la firma irunesa "Chocolates Elgorriaga".
A principios del siglo XXI, vino el declive del equipo, donde los objetivos del equipo se limitaron a obtener la clasificación para alguna competición europea. Finalmente, en la temporada 2006/2007, el equipo desciende a División de Honor Plata. Al finalizar la temporada 2012/2013, disputa el ascenso en casa frente al Ángel Ximénez Puente Genil, perdiendo el partido por escasa renta. A pesar de todo, la desaparición del BM Atlético de Madrid, unida a la estabilidad económica del Club Deportivo Bidasoa, permiten que la temporada 2013/2014 sea la del deseado retorno a la División de Honor.