El torneo clausura se desarrolla de la misma forma que el torneo de temporada anterior, en dos fases:
Fase de clasificación: los dieciocho días del campeonato.
Fase final: los partidos de ida y vuelta que van desde las semifinales hasta la final.
Fase de clasificación
Durante la fase de clasificación, los diez equipos se enfrentan a los otros nueve equipos dos veces según un calendario elaborado al azar. Los cuatro mejores equipos se clasifican para las semifinales, mientras que el último desciende a la Segunda División .
La clasificación se basa en la escala de puntos clásica (victoria a 3 puntos, empate a 1, derrota a 0). El desempate final se basa en los siguientes criterios:
El número de puntos.
La diferencia de goles general.
El número de goles marcados.
Relevo anual de clubes
San Luis terminó último en la tabla general del Torneo Clausura 2001 y fue relegado a la Liga de Plata, tras permanecer por una temporada en Primera División. Fue reemplazado por el campeón de la Segunda Isidro Metapán que ascendió a la máxima división por primera vez en su historia.