Просмотр кода страницы Поиск пиков в данных ChiP-Seq

== Параметры, влияющие на качество определения пиков ==
На качество определения пиков влияет множество параметров, начиная от способа картирования ридов на геном. Так, количество разрешённых при картировании несовпадений влияет на долю ридов, которые будут успешно картированы, а значит и на профиль покрытия генома. А операции по удалению ридов, способных выравниваться с несколькими местами в геноме, могут привести к потере пиков, расположенных в областях с повторами. Кроме того, в каждом из пяти перечисленных пунктов обобщённого алгоритма идентификации пиков существуют свои параметры, аккуратный подбор которых позволяет добиться максимальной селективности и специфичности<ref>{{cite doi|10.1371/journal.pone.0096303}}</ref><ref>{{cite doi|10.1093/bioinformatics/btu722}}</ref>.