Просмотр кода страницы FANTOM

'''FANTOM''' ({{lang-en|FANTOM}} — Functional Annotation of the Mammalian Genome, {{lang-ru|Функциональная аннотация геномов млекопитающих}}) — международный исследовательский [[консорциум]], основанный доктором Хаяшизаки<ref name=":0">{{Cite doi|10.2144/05383SP01}}</ref> и его коллегами в 2000 году с целью функционального {{нп5|Аннотирование генома|аннотирования|en|DNA annotation}} полноразмерных [[кДНК]], которые были [[Сборка генома|собраны]] в ходе проекта ''Mouse Encyclopedia''<ref name=":14">{{Cite web|lang=en|url=https://www.riken.jp/en/news_pubs/research_news/rr/4864/|title=A new tool for tracking the tiniest changes  {{!}} RIKEN|website=RIKEN|accessdate=2020-05-21}}</ref> в научном центре [[RIKEN]]. С тех пор FANTOM стал самостоятельным и развитым проектом, который затрагивает разные сферы анализа [[транскриптом]]ов. Цель проекта — прийти от понимания «элементов» — [[Транскрипт (биология)|транскриптов]] к понимания «системы» — транскрипционной регуляторной сети<ref>{{Cite web|lang=en|url=https://fantom.gsc.riken.jp|title=FANTOM|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2020-06-15|archive-url=https://web.archive.org/web/20200615114145/https://fantom.gsc.riken.jp/|deadlink=no}}</ref>.

== Этапы работы проекта: история и публикации ==

=== FANTOM1 ===

''The RIKEN Mouse Gene Encyclopaedia Project<ref name=":14" />''  — проект, методы которого позволяют определить содержит ли [[геном]] [[Мышиные|мыши]] кодирующую ДНК. В ходе данного проекта, работа которого началась в 1995 году, была получена коллекция последовательностей полноразмерных [[Кодирующая область|кДНК]] с последующим [[Картирование генов|картированием]] соответствующих [[ген]]ов на геноме мыши. Следствием этого проекта стало основание ассоциации FANTOM в 2000 году с целью аннотирования первых 21076 кДНК. Эта коллекция кДНК стала одной из крупнейших для какого-либо организма на тот момент. Анализ этих [[Комплементарная ДНК|кДНК]] расширил уже существующие {{нп5|Семейство генов|семейства генов|en|Gene family}} и определил новые<ref name=":2">{{cite doi|10.1038/35055500}}</ref>.

В ходе первого этапа работы [[консорциум]]а была разработана эффективная система функциональной аннотации генов, основанная на разработанных [[De novo сборка транскриптома|de novo]] правилах и методах. Основные результаты были опубликованы в журнале ''[[Nature]]'' в 2001 году<ref name=":2" />.

==== Технология получения полноразмерных кДНК ====
Данный протокол, разработанный в ходе проекта ''Mouse Encyclopedia''<ref name=":14" />, является усовершенствованной версией существовавшего на тот момент метода получения полноразмерных кДНК. Данные, полученные этой технологией, были проаннотированы в рамках проекта FANTOM1<ref>{{статья|ссылка=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4602071/|автор=Michiel de Hoon, Jay W. Shin, Piero Carninci|заглавие=Paradigm shifts in genomics through the FANTOM projects|год=2015|издание=Mammalian Genome|том=26|выпуск=9—10|страницы=391—402|issn=0938-8990|doi=10.1007/s00335-015-9593-8}}</ref>. Общий вид последовательных стадий можно представить следующим образом<ref name=":3">{{cite doi|10.1038/srep19420}}</ref>:

# [[Экстракция]] РНК из клеток;
# Синтез полноразмерных кДНК;
# Селекция полноразмерных кДНК;
# Нормировка;
# [[Клонирование ДНК|Клонирование]];
# [[Секвенирование]];
# Компьютерный анализ.

==== Трегалозный метод синтеза полноразмерных кДНК ====
Раньше одной из самых больших трудностей получения полноразмерных кДНК являлась неэффективность работы [[Ревертаза|ревертазы]] при синтезе второй цепи. Было показано, что добавление [[Трегалоза|трегалозы]] значительно увеличивает термостабильность и активность [[фермент]]а. Это открытие позволило проводить [[Обратная транскриптаза|ревертазные]] реакции при 60 °C вместо 42 °С, как раньше. При температуре 60 °C [[вторичная структура]] [[РНК]] из образца подплавляется и участок на 5'-конце [[Матричная РНК|мРНК]] становится доступным для транскрипции<ref name=":4">{{cite doi|10.1073/pnas.95.2.520}}</ref>.

==== Метод биотинилированной кэп-ловушки для отсеивания неполноразмерных кДНК ====
Метод разработан для селекции только полноразмерных кДНК. Сначала [[кэп]], который есть на 5'-конце всех [[Эукариоты|эукариотических]] мРНК [[биотин]]илируется. Затем происходит [[обратная транскрипция]], и одноцепочечнаяРНК подвергается деградации. Если транскрипция кДНК прервалась, то после расщепления одноцепочечных участков биотин на их 5'-конце будет отсутствовать. Оставшиеся полноразмерные кДНК с биотинилированным кэпом «вылавливаются» [[Стрептавидин|стрептавидиновыми]] бусинами. Затем в [[Щёлочь|щелочной]] среде цепи [[ДНК]] {{нп5|Элюция|элюируются|en|Elution}} и производится достраивание второй цепи ДНК<ref name=":5">{{cite doi|10.1006/geno.1996.0567}}</ref>.

==== Вектор для клонирования ====
Проблема того, что короткие мРНК более вероятно будут иметь больше клонов, чем более длинные, была решена разработкой нового [[Вектор (молекулярная биология)|вектора]], подходящего для клонирования кДНК размером от 6 тысяч [[Спаренные основания|пар оснований]] (п. о.) до 20 кб, — λFlcIII-L. Этот вектор был усовершенствован (фоновое [[Лигазы|лигирование]] снижено практически до нуля) и назван λFlcIV. Именно он использовался для клонирования<ref name=":6">{{cite doi|10.1006/geno.2001.6601}}</ref>.

==== Нормировка ====
Так как от 50 до 60 % всей РНК [[Клетка (биология)|клетки]] соответствуют [[Гены домашнего хозяйства|генам домашнего хозяйства]], то для оценки относительно низкого уровня РНК необходимо нормализовать {{нп5|Библиотека (биология)|библиотеки|en|Library (biology)}} частоты встречаемости конкретных кДНК<ref name=":6" />.

=== FANTOM2 ===
После первого съезда [[консорциум]]а FANTOM, группа из RIKEN продолжила создание мышиных полноразмерных кДНК. В ходе второй фазы были определены последовательности и созданы функциональные аннотации для этого набора из 60770 полноразмерных кДНК мыши. Это стало первым всемирным проектом по стандартизации полноразмерных кДНК [[Млекопитающие|млекопитающих]]<ref name="f2history">{{Cite web|url=https://fantom.gsc.riken.jp/2/fantom2/doc/history.html|title=История FANTOM2|website=FANTOM|accessdate=2020-05-11|archive-date=2018-11-21|archive-url=https://web.archive.org/web/20181121004519/http://fantom.gsc.riken.jp/2/fantom2/doc/history.html|deadlink=no}}</ref>.

Проект ''FANTOM2''<ref>{{cite web|url=https://fantom.gsc.riken.jp/2/|title=FANTOM2|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2020-03-25|archive-url=https://web.archive.org/web/20200325130741/https://fantom.gsc.riken.jp/2/|deadlink=no}}</ref> можно подразделить на три этапа: собрания «Typhoon», телеконференции MATRICS и собрания «Cherry Blossom».

==== Собрание «Typhoon» ====
Собрание «Typhoon» было проведено 15—19 октября 2001 года. Обсуждались стратегии и правила аннотации для более эффективного аннотирования с использованием информации о [[Количественный анализ экспрессии генов|профилях]] [[Экспрессия генов|экспрессии]], картирования и данных о [[Белок-белковые взаимодействия|белок-белковых взаимодействиях]], а также традиционного выравнивания последовательностей. В качестве тестовой выборки для встречи «Typhoon» FANTOM2 были подготовлены и проанализированы 46000 последовательностей<ref name=":7">{{cite doi|10.1101/gr.992803}}</ref>.

==== MATRICS (Mouse Annotation Teleconference for RIken CDNA Sequences) ====
MATRICS (от {{lang-en|'''M'''ouse '''A'''nnotation '''T'''eleconference for '''RI'''ken '''C'''DNA '''S'''equences}}) — телеконференция, в ходе которой кураторы аннотировали последовательности кДНК из RIKEN через [[Интернет]], используя систему защищённых серверов и систему FANTOM<ref>{{Cite web|url=https://fantom.gsc.riken.jp/2/fantom2/doc/links.html|title=Online resources for MATRICS FANTOM2|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2016-08-30|archive-url=https://web.archive.org/web/20160830163613/http://fantom.gsc.riken.jp/2/fantom2/doc/links.html|deadlink=no}}</ref> .
    
==== Собрание «Cherry Blossom» ====
После MATRICS была проведена встреча «Cherry Blossom» (с 29 апреля по 4 мая 2002 года) для доклада и обсуждения результатов функциональных аннотаций и биологически интересных находок<ref name="f2history" />.

По результатам была опубликована статья в журнале ''[[Nature]]'' в 2002 году<ref name=":8">{{cite doi|10.1038/nature01266}}</ref>.

=== FANTOM3 ===
Аналогично двум другим этапам были проведены встречи до начала работы (Tanabata Meeting: 04.07 — 08.07.2004, RIKEN, GSC, [[Япония]]) и после окончания работы проекта (Harvest Meeting: 10.09 — 15.09.2004, RIKEN, Япония)<ref name=":1">{{cite web|url=http://fantom3.gsc.riken.jp/history.html|title=История FANTOM3|website=FANTOM3|accessdate=2020-05-21|archive-date=2021-05-08|archive-url=https://web.archive.org/web/20210508201503/http://fantom3.gsc.riken.jp/history.html|deadlink=no}}</ref>.

В FANTOM3<ref>{{cite web|url=http://fantom3.gsc.riken.jp|title=FANTOM3|website=FANTOM3|accessdate=2020-05-21|archive-date=2019-12-01|archive-url=https://web.archive.org/web/20191201133741/http://fantom3.gsc.riken.jp/|deadlink=no}}</ref> для получения данных, которые раскрывают динамическое регулирование [[транскриптом]]а, была изменена стратегия аннотации<ref>{{cite web|url=https://fantom.gsc.riken.jp/3/doc/annotation.html|title=Стратегия аннотации FANTOM3|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2017-05-21|archive-url=https://web.archive.org/web/20170521121047/http://fantom.gsc.riken.jp/3/doc/annotation.html|deadlink=no}}</ref>. В частности, были подготовлены новые [[Набор данных|наборы данных]] для:

# Идентификации новых полноразмерных кДНК для 103000 клонов;
# Детерминирования и аннотирования транскриптов, транскрипционных единиц, анализа их сложности и экспрессии;
# Экспериментальной идентификации стартовых позиций инициации транскрипции и её терминации, а также вычисления сложности человеческого транскриптома;
# Выявления [[промотор]]ов.

Таким образом, помимо подготовления новых данных для более функционального анализа транскриптома, идентификации и аннотирования новых и низкоуровневых мРНК, конечной целью FANTOM3 было функционально аннотировать сложность транскриптома (определить разнообразие транскриптов), идентифицировать стартовые сайты инициации транскрипции, сайты терминации транскрипции, а также промоторы. Ещё одним аспектом понимания сложности транскриптома было осмысление [[Некодирующие РНК|некодирущих РНК]], которые составляют до половины транскриптома. В новвовведения входили также технологии [[Кэп-анализ экспрессии генов|CAGE]], GIS (от {{lang-en|Gene Identification Signature}}) и GSC (от {{lang-en|Genome Signature Cloning}})<ref name=":9">{{cite doi|10.1371/journal.pgen.0020062}}</ref>.

==== MATRICS-RELOADED ====
103000 полноразмерных кДНК были аннотированы в ходе телеконференции MATRICS-RELOADED, аналогичной MATRICS FANTOM2. В телемосте участвовало свыше 100 учёных со всего мира<ref name=":1" />. Функциональные аннотации полноразмерных кДНК можно найти на сервере ''FANTOM3''<ref>{{cite web|url=https://fantom.gsc.riken.jp/3/download/fantomdb/3.0|title=Сервер FANTOM3|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2020-08-15|archive-url=https://web.archive.org/web/20200815143529/https://fantom.gsc.riken.jp/3/download/fantomdb/3.0/|deadlink=no}}</ref>.

==== Технология CAGE ====
Технология кэп-анализа экспрессии генов (CAGE) позволяет проводить высокопроизводительный анализ экспрессии генов, получать профили участков транскрипции<ref name=":1" />.

Применение новой технологии CAGE показало, что более чем 63 % генома (а не около 1,5 % [[белок]]-кодирующих [[экзон]]ов, как считалось ранее) транскрибируется с образованием РНК. Также было обнаружено более 23000 некодирующих РНК и что более 73 % генов могут подвергаться смысловой и [[Антисмысловые РНК|антисмысловой]] транскрипции. Также был начат анализ кДНК и профилей экспрессии генов человека<ref name=":10">{{cite doi|10.1126/science.1112009}}</ref><ref name=":11">{{cite doi|10.1126/science.1112014}}</ref>.

=== FANTOM4 === 
Для работы четвёртой фазы проекта динамические паттерны экспрессии генов мРНК, [[микроРНК]] и активности промоторов были измерены для [[Дифференцировка клеток|дифференцирующихся]] клеток [[Острый миелоидный лейкоз|миелоидной лейкемии]] [[человек]]а — {{нп5|Клеточная линия|клеточной линии|en|Immortalised cell line}} {{нп5|THP-1||en|THP-1 cell line}}<ref name=":12">{{cite doi|10.1186/gb-2010-11-s1-o11}}</ref>.

Во время работы этого этапа для мониторинга динамики использования точек инициации транскрипции ({{lang-en|transcription start site, TSS}}) в ходе клеточной дифференцировки использовалась технология deepCAGE<ref name=":25">{{Cite web|url=http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/deep.html|title=DeepCAGE|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2019-12-20|archive-url=https://web.archive.org/web/20191220085451/http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/deep.html|deadlink=no}}</ref>. Для построения модели транскрипционной регуляторной сети были использованы предсказанные сайты связывания [[Факторы транскрипции|транскрипционных факторов]] и данные об уровнях активности промоторов. Благодаря этому стало возможным предсказывать регуляторные границы (EDGES) между транскрипционным фактором и целевым промотором, делать выводы о регуляции транскрипции с исследуемого промотора определённым транскрипционным фактором. На основе этих данных была разработана EDGE EXPRESS DB<ref>{{cite web|url=http://fantom.gsc.riken.jp/4/edgeexpress/about/|title=EDGE EXPRESS DB|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2022-04-06|archive-url=https://web.archive.org/web/20220406031730/https://fantom.gsc.riken.jp/4/edgeexpress/about/|deadlink=no}}</ref>, в которой можно найти регуляционные сети одного или нескольких интересующих генов<ref>{{cite doi|10.1038/ng.375}}</ref>.

Также были созданы {{нп5|Геномный браузер|геномные браузеры|en|Genome browser}}<ref>{{cite web|url=http://fantom.gsc.riken.jp/4/gev/gbrowse/hg18/|title=Геномные браузеры|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2020-10-31|archive-url=https://web.archive.org/web/20201031150339/https://fantom.gsc.riken.jp/4/gev/gbrowse/hg18/|deadlink=no}}</ref> для графического отображения в геноме мыши или человека важных мест, таких как промоторы, экзоны, места [[Ацетилирование|ацетилирования]] {{нп5|Гистон H3|гистона H3|en|Histone H3}} ({{нп5|H3K9ac||en|H3K9ac}}) и [[Участок связывания лиганда с рецептором|сайты связывания]] транскрипционных факторов<ref>{{Cite web|url=https://fantom.gsc.riken.jp/4/gev/gbrowse/hg18/|title=Human (hg18) genome viewer for THP-1 analysis [Release 2009/03/02]: chr16:31160546..31269948|website=RIKEN|accessdate=2020-05-14|archive-date=2020-10-31|archive-url=https://web.archive.org/web/20201031150339/https://fantom.gsc.riken.jp/4/gev/gbrowse/hg18/|deadlink=no}}</ref><ref>{{Статья|ссылка=https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-4-r40|автор=Hideya Kawaji, Jessica Severin, Marina Lizio, Andrew Waterhouse, Shintaro Katayama|заглавие=The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dynamic regulation|год=2009-04-19|издание=Genome Biology|том=10|выпуск=4|страницы=R40|issn=1474-760X|doi=10.1186/gb-2009-10-4-r40}}</ref>.

=== FANTOM5 ===
{{обновить раздел|дата=10 июня 2021}}
Эта стадия проекта по поиску общих правил клеточной дифференциации, полностью основанная на опыте предыдущих стадий, на 2020 год еще продолжается. Главной целью является систематическое исследование наборов генов, используемых при кодировании большинства типов клеток. Создаётся карта основных промоторв человека и относительная модель транскрипционной сети регуляции каждого клеточного состояния. Для этого используется deepCAGE<ref name=":25" /> [[секвенирование РНК]], выделенных из всех основных [[Органы человека|органов человека]] и более 200 [[Злокачественные клетки|раковых]] [[Культура клеток|клеточных линий]]<ref name=":15" />.

В ходе первой фазы были получены карты для наборов транскриптов, транскрипционных факторов, промоторов и [[энхансер]]ов, активных в большинстве первичных клеток млекопитающих и части [[Злокачественная опухоль|раковых]] [[Культура клеток|клеточных линий]]<ref name=":13" /><ref>{{cite doi|10.1038/nature12787}}</ref>. Примерно 30 публикаций этой фазы проекта описывают такие разные результаты, как первичные клетки, семейства генов, полногеномные исследования и новые [[Биоинформатика|биоинформатические]] инструменты<ref name=":15">{{Cite web|lang=en|url=https://fantom.gsc.riken.jp/5/|title=FANTOM5|author=DGT PR|website=FANTOM|accessdate=2020-05-11|archive-date=2020-05-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20200502135920/https://fantom.gsc.riken.jp/5/|deadlink=no}}</ref>.

В ходе второй фазы сравнительный анализ уровней РНК в разных типах клеток показал, что когда клетка дифференцируется, первичная активация этого процесса случается в энхансерных участках ДНК<ref>{{cite doi|10.1126/science.1259418}}</ref><ref>{{Статья|ссылка=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210666/|автор=Marina Lizio, Jayson Harshbarger, Imad Abugessaisa, Shuei Noguchi, Atsushi Kondo|заглавие=Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals|год=2017-01-04|издание=Nucleic Acids Research|том=45|выпуск=Database issue|страницы=D737–D743|issn=0305-1048|doi=10.1093/nar/gkw995}}</ref>.

Существуют серьёзные споры о том, являются ли тысячи длинных некодирующих РНК, транскрибируемые с наших геномов, функциональными или просто побочными продуктами шумового транскрипционного механизма. Учёные из консорциума FANTOM5 под руководством RIKEN использовали технологию, известную как CAGE, для создания атласа [[Длинные некодирующие РНК|длинных некодирующих РНК]] человека с точными 5'-концами и суммировали их паттерны экспрессии по основным типам клеток. При публикации после пересечения этого атласа экспрессии с другими [[Генетика|генетическими]] и геномными наборами данных (другими атласами экспрессии) авторы предположили, что многие из этих длинных некодирующих РНК могут быть функциональными, так как были показаны пересечения атласов<ref>{{cite doi|10.1038/nature21374}}</ref>. 

CAGE в большой коллекции первичных типов клеток показал, что многие промоторы млекопитающих представляют собой составные объекты, состоящие из множества близко расположенных точек инициаций транскрипций, с независимыми профилями экспрессии, специфичными для типа клеток. Атлас экспрессии, ориентированный на промотор FANTOM5<ref name=":15" />, обеспечивает профили экспрессии для большинства кодирующих и [[Мусорная ДНК|некодирующих]] транскриптов в геномах человека и мыши<ref name=":13">{{cite doi|10.1038/nature13182}}</ref>.

С помощью FANTOM5<ref name=":15" /> был получен транскриптом свежеизолированных [[тучные клетки|тучных клеток]] [[Кожа|кожи]] человека. Тучные клетки уникальны в [[Гемопоэз|гемопоэтической линии]] и только отдалённо связаны с [[базофил]]ами. Было показано, что тучные клетки экспрессируют [[Костный морфогенетический белок|BMP]]-[[Клеточный рецептор|рецепторы]] и что BMP может способствовать выживанию и восстановлению после стимуляции тучных клеток человека<ref>{{cite doi|10.1182/blood-2013-02-483792}}</ref>.

<gallery mode="packed" width=200px heights=200px perrow=7>
File:An_atlas_of_human_long_non-coding_RNAs_with_accurate_5’_ends.png|Атлас длинных некодирующих РНК человека
File:A_promoter-level_mammalian_expression_atlas.jpg|Атлас экспрессии промоторов млекопитающих
File:Redefinition_of_the_human_mast_cell_transcriptome_by_deep-CAGE_sequencing.jpg|Переоценка транскриптома тучных клеток человека методом deepCAGE
</gallery>

=== FANTOM6 ===
В настоящее время проводится исследование FANTOM6, целью которого является систематическая характеристика роли [[Длинные некодирующие РНК|днкРНК]] в геноме человека. Биологическая функция этих больших (более 200 нуклеотидов) и нетранслируемых РНК в значительной степени неизвестна. На основании нескольких работ, посвященных днкРНК, считается, что они участвуют в регуляции транскрипции, трансляции, посттрансляционных модификациях и [[Эпигенетика|эпигенетических метках]]. Однако текущие знания о масштабах и диапазоне этих предполагаемых регуляторных взаимодействий являются рудиментарными.{{в планах|дата=2021-06-10}}

== Доступность данных ==
Интерактивные базы данных (interactive viewer, data exporter) и все файлы за время работы всех стадий проекта находятся в свободном доступе в общей базе данных FANTOM<ref>{{cite web|url=http://fantom.gsc.riken.jp/data/|title=FANTOM database|website=FANTOM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2020-03-25|archive-url=https://web.archive.org/web/20200325130648/https://fantom.gsc.riken.jp/data/|deadlink=no}}</ref>.

Все полноразмерные [[Комплементарная ДНК|кДНК]] клоны доступны в Dnaform, Invitrogen, RZPD и Gene Service<ref>{{cite web|url=https://www.dnaform.jp/en/products/clone/riken_human/|title=RIKEN Human cDNA Clones {{!}} K.K. DNAFORM|website=DNAFORM|accessdate=2020-05-21|archive-date=2016-06-14|archive-url=https://web.archive.org/web/20160614095206/http://dnaform.jp/en/products/clone/riken_human/|deadlink=no}}</ref><ref>{{Cite web|lang=en|url=https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cloning.html|title=Cloning - US|website=Thermo Fisher Scientific|accessdate=2020-05-21|archive-date=2020-05-28|archive-url=https://web.archive.org/web/20200528212028/https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cloning.html|deadlink=no}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/clone/finding_cdna.shtml|title=Tips on Finding cDNA Clones|website=NCBI|accessdate=2020-05-21|archive-date=2020-10-23|archive-url=https://web.archive.org/web/20201023014322/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/clone/finding_cdna.shtml|deadlink=no}}</ref>.

== Примечания ==
{{примечания}}

== Ссылки ==
* {{cite web|url=https://fantom.gsc.riken.jp |title=FANTOM|author=|website=FANTOM|subtitle=Functional Annotation of the Mammalian Genome|description=Сайт проекта FANTOM |date=|accessdate=2020-04-14|lang=en}}
* {{cite web |url=http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/ |title=Protocols|subtitle=Detailed descriptions on protocols used in FANTOM|website=RIKEN|accessdate=2020-04-14|lang=en|description=Подробное описание протоколов, использованных в проекте }}

[[Категория:Биоинформатика]]