ImageJ: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
(Показать все непатрулированные изменения)
[непроверенная версия][непроверенная версия]
← Предыдущая правка
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
→Особенности: Исправлена опечатка в слове
 
(не показано 27 промежуточных версий 14 участников)
Строка 5: Строка 5:
| caption = Скриншот ImageJ
| caption = Скриншот ImageJ
| developer = Wayne Rasband ([[National Institutes of Health|NIH]])
| developer = Wayne Rasband ([[National Institutes of Health|NIH]])
| latest_release_version = 1.48d (28 сентября 2013)
| latest_release_version = 1.52u
| latest_release_date = 28 сентября 2013
| latest_release_date=2020-03-17
| operating_system = Any ([[Java platform|Java]]-based)
| operating_system = Any ([[Java platform|Java]]-based)
| genre = [[Image processing]]
| genre = [[Обработка изображений]]
| license = [[Public Domain]]
| license = [[Public Domain]]
| website = imagej.net
| genre = [[Image processing]]
| website = http://rsb.info.nih.gov/ij/
}}
}}
'''ImageJ''' — это программа с открытым исходным кодом для анализа и [[Обработка изображений|обработки изображений]]. Написана на языке [[Java]] сотрудниками [[Национального института здравоохранения США|National Institutes of Health]]<ref>{{cite journal |author=Collins TJ |title=ImageJ for microscopy |journal=BioTechniques |volume=43 |issue=1 Suppl |pages=25–30 |year=2007 |month=July |pmid=17936939 |doi= 10.2144/000112517|url=}}</ref> и распространяется без лицензионных ограничений как [[общественное достояние]]. Открытый [[API]] позволяет гибко наращивать функционал за счёт подключаемых плагинов, а встроенный [[макроязык]] — автоматизировать сложные повторяющиеся действия<ref>{{cite journal |author=Girish V, Vijayalakshmi A |title=Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ |journal=Indian J Cancer |volume=41 |issue=1 |pages=47 |year=2004 |url=http://www.bioline.org.br/request?cn04009 | pmid=15105580}}</ref>. ImageJ широко применяется в [[Биомедицина|биомедицинских]] исследованиях, [[Астрономия|астрономии]], [[География|географии]] и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы [[Проприетарное ПО|проприетарному ПО]].
'''ImageJ''' — программа с открытым исходным кодом для анализа и [[Обработка изображений|обработки изображений]]. Написана на языке [[Java]] сотрудниками [[Национальные институты здравоохранения США|National Institutes of Health]]<ref>{{статья |заглавие=ImageJ for microscopy |издание={{Нп3|BioTechniques}} |том=43 |номер=1 Suppl |страницы=25—30 |pmid=17936939 |doi=10.2144/000112517 |язык=en |автор=Collins T.J. |месяц=7 |год=2007 |тип=journal}}</ref> и распространяется без лицензионных ограничений как [[общественное достояние]]. Открытый [[API]] позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный [[макроязык]] — автоматизировать сложные повторяющиеся действия<ref>{{статья |заглавие=Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ |издание={{Нп3|Indian Journal of Cancer|Indian J Cancer||Indian Journal of Cancer}} |том=41 |номер=1 |страницы=47 |ссылка=http://www.bioline.org.br/request?cn04009 |pmid=15105580 |язык=en |автор=Girish V., Vijayalakshmi A. |год=2004 |тип=journal |archivedate=2011-04-11 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20110411192302/http://www.bioline.org.br/request?cn04009 }}</ref>. ImageJ широко применяется в [[Биомедицина|биомедицинских]] исследованиях, [[Астрономия|астрономии]], [[География|географии]] и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы [[Проприетарное ПО|проприетарному ПО]].


[[Плагины]] сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трехмёрную [[Визуализация|визуализацию]] в диапазоне от клеток до [[Рентгенология|рентгенологических]] изображений<ref>{{cite journal |author=Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J |title=Creation of DICOM-aware applications using ImageJ |journal=J Digit Imaging |volume=18 |issue=2 |pages=91–9 |year=2005 |pmid=15827831 |doi=10.1007/s10278-004-1879-4}}</ref>, автоматические сравнения<ref>{{cite journal |author=Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J |title=AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit |journal=Microsc Res Tech |volume=64 |issue=2 |pages=176–84 |year=2004 |pmid=15352089 |doi=10.1002/jemt.20067}}</ref> вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в [[Гематология|гематологии]]<ref>{{cite journal |author=Gering E, Atkinson C |title=A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis |journal=J Parasitol |volume=90 |issue=4 |pages=879–81 |year=2004 |pmid=15357090 |doi=10.1645/GE-222R}}</ref>. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений<ref>{{cite book | author = Burger W, Burge M| title = Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java | publisher = [[Springer Science+Business Media|Springer]] | date = 2007 | url = http://www.imagingbook.com/ | isbn = 1846283795 | unused_data = |ISBN status = May be invalid - please double check}}</ref><ref>{{cite book | author = Dougherty, G | title = Digital Image Processing for Medical Applications | publisher = [[Cambridge University Press]] | date = 2009 | url = http://www.cambridge.org/9780521860857 | isbn = 9780521860857 | unused_data = |ISBN status = May be invalid - please double check}}</ref>.
[[Плагины]] сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную [[Визуализация|визуализацию]] в диапазоне от клеток до [[Рентгенология|рентгенологических]] изображений<ref>{{статья |заглавие=Creation of DICOM-aware applications using ImageJ |издание=J Digit Imaging |том=18 |номер=2 |страницы=91—9 |pmid=15827831 |doi=10.1007/s10278-004-1879-4 |язык=und |автор=Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. |год=2005}}</ref>, автоматические сравнения<ref>{{статья |заглавие=AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit |издание={{Нп3|Microscopy Research and Technique|Microsc Res Tech||Microscopy Research and Technique}} |том=64 |номер=2 |страницы=176—184 |pmid=15352089 |doi=10.1002/jemt.20067 |язык=en |тип=journal |автор=Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. |год=2004}}</ref> вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в [[Гематология|гематологии]]<ref>{{статья |заглавие=A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis |издание={{Нп3|Journal of Parasitology|J Parasitol||Journal of Parasitology}} |том=90 |номер=4 |страницы=879—881 |pmid=15357090 |doi=10.1645/GE-222R |язык=en |тип=journal |автор=Gering E., Atkinson C. |год=2004}}</ref>. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений<ref>{{книга |заглавие=Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java |издательство=[[Springer Science+Business Media|Springer]] |ссылка=http://www.imagingbook.com/ |isbn=1846283795 |язык=en |автор=Burger W., Burge M. |год=2007 |archivedate=2014-05-17 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20140517114947/http://www.imagingbook.com/ }}</ref><ref>{{книга |заглавие=Digital Image Processing for Medical Applications |издательство=[[Издательство Кембриджского университета|Cambridge University Press]] |ссылка=http://www.cambridge.org/9780521860857 |isbn=9780521860857 |язык=en |автор=Dougherty, G. |год=2009}}</ref>.


ImageJ может работать как онлайн [[апплет]], загружаемое приложение. Использование приложения возможно во всех [[Операционная система|операционных системах]], для которых существует [[Java Virtual Machine]] версии 1.4 или более поздней: [[Microsoft Windows]], [[Mac OS]], [[Mac OS X]], [[Linux]] и [[Zaurus|Sharp Zaurus PDA]]. Исходный код ImageJ также находится в [http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/index.html свободном доступе]<ref>{{cite journal |author=Rueden CT, Eliceiri KW |title=Visualization approaches for multidimensional biological image data |journal=BioTechniques |volume=43 |issue=1 Suppl |pages=31, 33–6 |year=2007 |month=July |pmid=17936940 |doi= 10.2144/000112511|url=}}</ref>.
Пользоваться ImageJ можно через онлайн-[[апплет]] или загрузив приложение. Приложение работает во всех [[Операционная система|операционных системах]], для которых есть виртуальная машина [[Java Virtual Machine]] версии от 1.4: [[Microsoft Windows]], [[Mac OS]], [[Mac OS X]], [[Linux]] и [[Zaurus|Sharp Zaurus PDA]]. Исходный код ImageJ находится в [http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/index.html свободном доступе]<ref>{{статья |заглавие=Visualization approaches for multidimensional biological image data |издание={{Нп3|BioTechniques}} |том=43 |номер=1 Suppl |страницы=31, 33—6 |pmid=17936940 |doi=10.2144/000112511 |язык=it |тип=diario |автор=Rueden C.T., Eliceiri K.W. |месяц=7 |год=2007}}</ref>.


Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).
Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).


== Особенности ==
== Особенности ==
ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, такие как [[TIFF]], [[PNG]], [[GIF]], [[JPEG]], [[BMP]], [[DICOM]], [[FITS]], а также raw форматы. ImageJ поддерживает ''[[стек]]и'' — серии изображений, которые объединены в одном окне, а [[многопоточность|многопоточные]] трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади, статистические показатели пиксельных значений различных выделенных областей интереса на изображениях, которые выделены вручную или при помощи пороговых функций. Программа может измерять расстояния и углы. Она может создавать [[гистограмма|гистограммы]] плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает стандартные функции обработки изображений, такие как логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, [[свёртка (математический анализ)|свертки]], [[Фурье-анализ]], повышение резкости, [[сглаживание]], обнаружение границ и [[медианный фильтр]]. Программа позволяет производить различные [[Аффинное преобразование|геометрические преобразования]], такие как [[масштабирование]], поворот или отражение. Программа поддерживает любое количество одновременно используемых изображений, ограничение связано только с объёмом доступной памяти.
ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности, [[TIFF]], [[PNG]], [[GIF]], [[JPEG]], [[BMP]], [[DICOM]], [[FITS]], а также форматы необработанных (англ. raw) данных. ImageJ поддерживает ''[[стек]]и'' — серии изображений, объединенных в одном окне, а [[многопоточность|многопоточные]] трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строить [[гистограмма|гистограммы]] плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, [[свёртка (математический анализ)|свертки]], [[фурье-анализ]], повышение резкости, [[сглаживание]], обнаружение границ и [[медианный фильтр]]. Программа позволяет выполнять [[Аффинное преобразование|геометрические преобразования]]: [[масштабирование]], поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.


== История ==
== История ==
До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа, известная как ''NIH Image'', которая была разработана для компьютеров [[Macintosh]] и работала на до-[[Mac OS X]] операционных системах.
До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа ''NIH Image'' для компьютеров [[Macintosh]] и операционных систем до [[Mac OS X]]. Ее развитием стала программа [https://www.liverpool.ac.uk/~sdb/ImageSXM/ Image SXM] для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия для [[Windows]], [[Портирование программного обеспечения|поддерживаемая]] Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны<ref>{{cite web|url=http://rsbweb.nih.gov/nih-image/about.html |title=NIH Image: About |accessdate=2008-11-18 |archiveurl=https://www.webcitation.org/67454uT10?url=http://rsbweb.nih.gov/nih-image/about.html |archivedate=2012-04-20 }}</ref>.
Дальнейшее развитие этого кода продолжалось в направлении использования изображений SXM, вариантах специально разработанных для физических исследований изображений сканирующих микроскопов. Также была разработана [[Windows]] версия [[Портирование программного обеспечения|поддерживаемая]] Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны<ref>{{cite web|url=http://rsbweb.nih.gov/nih-image/about.html|title=NIH Image: About|accessdate=2008-11-18|archiveurl=http://www.webcitation.org/67454uT10|archivedate=2012-04-20}}</ref>.


== Примечания ==
== Примечания ==
{{примечания|2}}
{{примечания|2}}

== Литература ==
* {{Книга|автор = Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau|заглавие = Image Processing with ImageJ|ответственный = |издание = 2nd Edition|место = |издательство = Packt Publishing|год = 2015|страницы = |страниц = 256|isbn = 978-1-78588-983-7}}
* {{Книга|автор = Борис Шилов, Николай Энглевский|заглавие = ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя |ответственный = |издание = |место = |издательство = LAP Lambert Academic Publishing|год = 2013|страницы = |страниц = 312|isbn = 978-3-659-37594-1}}


== Ссылки ==
== Ссылки ==
* [http://rsb.info.nih.gov/ij Домашняя страница ImageJ]
* [http://rsb.info.nih.gov/ij Домашняя страница ImageJ]
* [http://imagejdocu.tudor.lu/ Wiki документация по ImageJ ]
* [http://imagejdocu.tudor.lu/ Wiki документация по ImageJ ]
* [http://www.sas.org/tcs/weeklyIssues_2005/2005-10-21/feature2/ Обзоры ImageJ] от [[Forrest Mims III]] in ''The Citizen Scientist'' , the journal of the [[Society for Amateur Scientists]].
* [https://web.archive.org/web/20070312052602/http://www.sas.org/tcs/weeklyIssues_2005/2005-10-21/feature2/ Обзоры ImageJ] от [[Forrest Mims III]] in ''The Citizen Scientist'' , the journal of the [[Society for Amateur Scientists]].
* [http://www.bioinformatix.ru/analiz-izobrazheniy-imaging-/index.php ImageJ в России ]
* [http://www.bioinformatix.ru/analiz-izobrazheniy-imaging-/index.php ImageJ в России ]
* [https://dzen.ru/a/ZFezUxF6lnJ9ZZVV Инструкции к ImageJ на русском языке]
* [http://www.imagej.ru Русскоязычный сайт программы ImageJ ]


=== Дистрибутивы ===
=== Дистрибутивы ===
Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.
Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.
* [http://fiji.sc/Fiji Fiji] (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. [http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Category:Scripting Scripting]).
* [https://web.archive.org/web/20130807000230/http://fiji.sc/Fiji Fiji] (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. [https://web.archive.org/web/20110131173036/http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Category:Scripting Scripting]).
* [https://www.macbiophotonics.ca/software.htm MBF ImageJ], разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.
* [https://web.archive.org/web/20130812190637/https://www.macbiophotonics.ca/software.htm MBF ImageJ], разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.


=== Подключаемые модули ===
=== Подключаемые модули ===
* [http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html Домашняя страница ImageJ Plugin]
* [http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html Домашняя страница ImageJ Plugin]
* [http://ij-plugins.sourceforge.net/ Проект ImageJ Plugin Project] @ Sourceforge.net
* [http://ij-plugins.sourceforge.net/ Проект ImageJ Plugin Project] @ Sourceforge.net
* [http://bij.isi.uu.nl/ Плагины для Bio-medical Imaging]
* [http://bij.isi.uu.nl/ Плагины для Bio-medical Imaging] {{Wayback|url=http://bij.isi.uu.nl/ |date=20200115172438 }}
* [http://www.cs.cmu.edu/~kangli/code/Image_Stabilizer.html Плагин Image Stabilizer для ImageJ]
* [http://www.cs.cmu.edu/~kangli/code/Image_Stabilizer.html Плагин Image Stabilizer для ImageJ]
* [http://www.optinav.com/imagej.html OptiNav набор плагинов:] аэроакустика, гистограммы реального времени, деконволюции.
* [https://web.archive.org/web/20070312023744/http://www.optinav.com/imagej.html OptiNav набор плагинов:] аэроакустика, гистограммы реального времени, деконволюции.
* Большой [http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html набор плагинов] от Gabriel Landini
* Большой [https://web.archive.org/web/20070210085531/http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html набор плагинов] от Gabriel Landini
* [http://www.mcdb.ucla.edu/research/hartenstein/software/imagej/index.html плагины редактирования 3D] от Albert Cardona.
* [https://web.archive.org/web/20070311081420/http://www.mcdb.ucla.edu/research/hartenstein/software/imagej/index.html плагины редактирования 3D] от Albert Cardona.
* Плагины для [http://www.gcsca.net оценки поверхностей] от GCSCA
* Плагины для [http://www.gcsca.net оценки поверхностей] от GCSCA
* [http://www.ini.unizh.ch/~acardona/trakem2.html TrakEM2:] плагин для морфологического интеллектуального анализа данных, 3D моделирования, а также сшивания изображений, их регистрации, редактирования и аннотации.
* [https://web.archive.org/web/20070310233134/http://www.ini.unizh.ch/~acardona/trakem2.html TrakEM2:] плагин для морфологического интеллектуального анализа данных, 3D моделирования, а также сшивания изображений, их регистрации, редактирования и аннотации.
* [http://www.ulfdittmer.com/imagej/ Различные плагины] от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
* [http://www.ulfdittmer.com/imagej/ Различные плагины] от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
* [http://fly.mpi-cbg.de/~saalfeld SIFT-реализация] от Stephan Saalfeld: облегченная SIFT-реализация под GPL, см. больше о [[SIFT алгоритме]]
* [https://web.archive.org/web/20110501063712/http://fly.mpi-cbg.de/~saalfeld/ SIFT-реализация] от Stephan Saalfeld: облегченная SIFT-реализация под GPL, см. больше о [[SIFT алгоритме]]
* [http://biocomp.cnb.csic.es/~iarganda/bUnwarpJ/ bUnwarpJ] от Ignacio Arganda-Carreras: плагин для жесткой и гибкой регистрации изображений.
* [https://imagej.net/plugins/bunwarpj/ bUnwarpJ] от Ignacio Arganda-Carreras: плагин для жесткой и гибкой регистрации изображений.
* [http://bigwww.epfl.ch/algorithms.html Plugins] от Biomedical Imaging Group (EPFL)
* [http://bigwww.epfl.ch/algorithms.html Plugins] от Biomedical Imaging Group (EPFL)
* [http://bigwww.epfl.ch/iplab/ Преподавание обработки изображений и Java программирования ] с плагинами ImageJ
* [http://bigwww.epfl.ch/iplab/ Преподавание обработки изображений и Java программирования ] {{Wayback|url=http://bigwww.epfl.ch/iplab/ |date=20110706225754 }} с плагинами ImageJ
* [http://u759.curie.u-psud.fr/softwaresu759.html Томографическая реконструкция по проекциям] в виде плагина ImageJ, [[Университет Париж-юг XI]], Orsay
* [https://web.archive.org/web/20100327225804/http://u759.curie.u-psud.fr/softwaresu759.html Томографическая реконструкция по проекциям] в виде плагина ImageJ, [[Университет Париж-юг XI]], Orsay


=== Программа NIH Image ===
=== Программа NIH Image ===
* [http://rsb.info.nih.gov/ij/ Домашняя страница NIH Image]
* [http://rsb.info.nih.gov/ij/ Домашняя страница NIH Image]
* [http://www.scioncorp.com/pages/scion_image_windows.htm Скачать Scion Image]
* [https://web.archive.org/web/20090420124343/http://www.scioncorp.com/pages/scion_image_windows.htm Скачать Scion Image]


{{rq|checktranslate|recat|cleanup|topic=IT}}
{{rq|checktranslate|recat|cleanup|topic=IT}}

Текущая версия от 07:38, 17 июля 2024

ImageJ
Логотип программы ImageJ
Скриншот программы ImageJ
Скриншот ImageJ
Тип Обработка изображений
Разработчик Wayne Rasband (NIH)
Написана на Java[1]
Операционная система Any (Java-based)
Аппаратная платформа Java Virtual Machine
Последняя версия 1.52u (2020-03-17)
Репозиторий github.com/imagej/ImageJ
Лицензия Public Domain
Сайт imagej.net
Логотип Викисклада Медиафайлы на Викискладе

ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений. Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health[2] и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние. Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия[3]. ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии, географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО.

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений[4], автоматические сравнения[5] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии[6]. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений[7][8].

Пользоваться ImageJ можно через онлайн-апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всех операционных системах, для которых есть виртуальная машина Java Virtual Machine версии от 1.4: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ находится в свободном доступе[9].

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

Особенности

[править | править код]

ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности, TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также форматы необработанных (англ. raw) данных. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, объединенных в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строить гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки, фурье-анализ, повышение резкости, сглаживание, обнаружение границ и медианный фильтр. Программа позволяет выполнять геометрические преобразования: масштабирование, поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.

История

[править | править код]

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа NIH Image для компьютеров Macintosh и операционных систем до Mac OS X. Ее развитием стала программа Image SXM для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия для Windows, поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны[10].

Примечания

[править | править код]
  1. ↑ The image_j Open Source Project on Open Hub: Languages Page — 2006.
  2. ↑ Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // BioTechniques[англ.] : journal. — 2007. — July (vol. 43, no. 1 Suppl). — P. 25—30. — doi:10.2144/000112517. — PMID 17936939.
  3. ↑ Girish V., Vijayalakshmi A. Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ (англ.) // Indian J Cancer[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 41, no. 1. — P. 47. — PMID 15105580. Архивировано 11 апреля 2011 года.
  4. ↑ Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18, № 2. — С. 91—9. — doi:10.1007/s10278-004-1879-4. — PMID 15827831.
  5. ↑ Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // Microsc Res Tech[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 64, no. 2. — P. 176—184. — doi:10.1002/jemt.20067. — PMID 15352089.
  6. ↑ Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // J Parasitol[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 90, no. 4. — P. 879—881. — doi:10.1645/GE-222R. — PMID 15357090.
  7. ↑ Burger W., Burge M. Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java (англ.). — Springer, 2007. — ISBN 1846283795. Архивировано 17 мая 2014 года.
  8. ↑ Dougherty, G. Digital Image Processing for Medical Applications (англ.). — Cambridge University Press, 2009. — ISBN 9780521860857.
  9. ↑ Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // BioTechniques[англ.] : diario. — 2007. — Luglio (v. 43, n. 1 Suppl). — P. 31, 33—6. — doi:10.2144/000112511. — PMID 17936940.
  10. ↑ NIH Image: About. Дата обращения: 18 ноября 2008. Архивировано 20 апреля 2012 года.

Литература

[править | править код]
  • Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. — ISBN 978-1-78588-983-7.
  • Борис Шилов, Николай Энглевский. ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя. — LAP Lambert Academic Publishing, 2013. — 312 с. — ISBN 978-3-659-37594-1.

Ссылки

[править | править код]

Дистрибутивы

[править | править код]

Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.

  • Fiji (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. Scripting).
  • MBF ImageJ, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.

Подключаемые модули

[править | править код]

Программа NIH Image

[править | править код]
Источник — https://ru.wikipedia.org/ruwiki/w/index.php?title=ImageJ&oldid=138997152