Проект:Биоинформатика

Целью проекта «Биоинформатика» является создание и улучшение русскоязычных статьей, посвященных высокопроизводительным технологиям современной биологии и методам биоинформатического анализа данных. Улучшение статьей является частью учебного процесса студентов ФББ МГУ и ШБ. Этот проект в значительной степени вдохновлен аналогичным проектом в МФТИ.

Правила

1. Участники могут выбрать любую статью относящуюся к категории биоинформатика и нуждающуюся в доработке или предложить новую тему. Задачей является существенное улучшение статьи и, по возможности, доведение ее до статуса добротной, хорошей или избранной. Максимальная оценка будет поставлена только участниками улучшившим статус статьи в ряду без статуса<добротная<хорошая<избранная.
2. Участники могут работать над темой не более чем втроем. Чтобы закрепить за собой тему, необходимо вписать свое имя (или ник) в таблицу и написать письмо преподавателю (указав в нем имя, ник и выбранную тему). Второй участник может вписаться только с согласия первого.
3. Работа над статьей разделена на три этапа:
   1. Выбор статьи и согласование с преподавателем списка улучшений. Ожидаемы размер правок должен превышать 5Кб. Необходимо закончить до 25.03.2016.
   2. Поиск авторитетных источников информации. Список литературы должен быть согласован с преподавателем до 5.04.2016. Возможно выполнение перевода англоязычной статьи Википедии на ту же тему, однако это также должно быть согласовано с преподавателем. В этом случае в тексте будет необходимо указать что статья является переводом.
   3. Работа над статьей должна быть завершена до 30.04.2016.
4. После майских праздников будет возможность исправить ошибки и, возможно, улучшить оценку.
5. Запрещается любое заимствование (включая перевод), не оформленное в виде цитат. Простая перестановка слов не делает текст уникальным. Запрещение заимствования касается также и иллюстраций. Участникам настоятельно рекомендуют ознакомиться с авторскими правами.
6. Новую статью необходимо редактировать сразу в основном пространстве. Не нужно использовать "Инкубатор"

Статьи, над которым работают участники проекта (2016 год)

Участник[и]	Ник[и]	Статья	Комментарий	Статус	дата окончания правки
Панкевич	Pankevich-ev	STARR-seq	перевод en:STARR-seq	согласовано
Образцова, Попов	Alcedattis	Пространственное_выравнивание	перевод en:Structural_alignment	согласовано
Гафуров, Меерсон, Носикова	FBA	Flux balance analysis (FBA) (название нужно перевести и согласовать)	перевод, en:Flux balance analysis	согласовано
Дудина, Елисеев, Малеева	Dudinadar, Glennerad	Секретомика	перевод, en:Secretomics	согласовано
Абдрахманов, Анисимова	SunnyBeque	Метагеномика	перевод en:Metagenomics	согласовано
Галкин Фёдор		Предсказание генов	перевод en:Gene_prediction	согласовано
Босхомджиева Баина, Андреева Анна	bainabos, lazyraccoon	Интерактом	перевод en:Interactome	согласовано
Гусев, Евстафьева, Желудкевич	zheludkevich.anna	Коррекция на множественное тестирование	доведение до статуса добротной	согласовано
Нуждина Екатерина	Alezanalp	BWA (выравнивание биологических последовательностей)	создание новой статьи, применение, алгоритмы, проблемы	список литературы согласован
Беседина Лиза, Вакуленко Юля	biobesedina, vakulenko_julia	Bayesian inference in phylogeny (название нужно перевести и согласовать)	Перевод en:Bayesian inference in phylogeny	согласовано
Шафиков Радик	iltarn.mos	Секвенирование ДНК одиночных клеток	создание новой статьи	согласовано
Травин Дмитрий, Трушина Наталия, Козлова Мария	TravinD, Nitrushina	Баркодирование ДНК	перевод en:DNA barcoding	согласовано
Мазитова Саша	AlMazitova	Метод дробовика	перевод en:Shotgun_sequencing	согласовано
Минькина Елена	Meatargz	Компьютерные методы поиска мотивов в биологических последовательностях	создание новой статьи	согласовано
Тишина Соня, Федорова Алла	sonirabi, Triasteran	Множественное_выравнивание_последовательностей	перевод en:Multiple_sequence_alignment	согласовано
Марсиаль	Mahoul	Ensembl	перевод en:Ensembl	согласовано
Сутормин Дмитрий, Новикова Мария, Ежова Маргарита	sutormin94, abbadon, rita501	Поиск пиков в данных ChIP-Seq (Peak calling)	создание новой статьи	согласовано, нет списка литературы
Кунин Михаил	mikhail_kunin	GenBank	перевод en:GenBank	согласовано
Медведев, Мамедов	D.o.medvedev, Z_Krookie	Фармакогенетика	перевод en:Pharmacogenetics	согласовано
Котлов	?????	AutoDock	перевод и дополнение en:AutoDock	согласовано
Бикметов	Bikdm	Анализ сети взвешенной ко-экспрессии генов (WGCNA)	перевод en:Weighted correlation network analysis

Архив

(2015 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Участник[и]	Ник[и]	Статья	Комментарий	Статус	дата окончания правки
Алешин	Vasily msu11	Кэп-анализ_экспрессии_генов_(CAGE)	улучшение существующей статьи	источники согласованы
Аккуратов	eakkuratov	визуализация данных РНК-сек	зачем нужно, что рисуют, примеры программ: genome browser, IGV, tablet, sashimi plot (MISO), …	источники согласованы
Галицына, Бредихин	Rilalim raordan, kerkomen	SAMtools	и формат bam/sam. зачем нужен, как пользоваться en:SAMtools	источники согласованы
Филаретов	Dragongene	Инкубатор:Sequence logo	может стоит придумать русское название en:Sequence_logo	источники согласованы
Столярова, Бутусова	taisniqm, amadreaera	Позиционная весовая матрица	en:Position_weight_matrix	источники согласованы
Клинк	GalkaKlink	Инкубатор:Групповой анализ дифференциальной экспрессии	GOstat, gorilla, goseq и т. д. Нужно придумать русское название.
Фоменко, Чаплин	lenafomenko, Chaplin_av	Инкубатор:Pfam	Описание БД: история, что есть, как пользоваться. en:Pfam	источники согласованы
Девяткин	AndreiDeviatkin	методы изучения редактирования РНК	секция в Секвенирование_РНК
Ланина	No.lanina	Энциклопедия_элементов_ДНК	улучшение существующей статьи	согласован перевод
Моисеева	janemoiseeva	Функциональная аннотация геномов млекопитающих	сайт проекта
Калинина, Новаковский, Елисеева	MarinaKalinina, fransilvion, julia-eliseeva	Атлас_Ракового_Генома	en:The_Cancer_Genome_Atlas	согласован перевод
Безменова, Сафина	bsshka, noraneko	Предпочтение кодонов	en:Codon Usage Bias, нужно придумать русское название	источники согласованы
Бурская, Сигалова	GreyCrow	Модель_замен	en:Substitution_model, нужно придумать русское название	источники согласованы
Артюхов, Прохорова	eugeniaprokhorova	Проект «Раковый геном»	en:Cancer Genome Project, en:COSMIC cancer database
Климчук	Olesyaklm	Инкубатор:STRING	en:STRING
Белова, Гречникова		секвенирование экзома	en:Exome Sequencing	согласован перевод
Максудов, Нафеев, Шарафиев		pipeline

(2014 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Участник[и]	Ник[и]	Статья	Комментарий	Статус	дата окончания правки
		Кэп-анализ_экспрессии_генов_(CAGE)	улучшение существующей статьи
Кулешов	Maxim Kuleshov	ДНК-микрочип	улучшение существующей статьи	Источники одобрены	10.05.2014
Дворкина, Муравьева	DashaDv, Fox.fbb.msu	ПЦР в реальном времени	улучшение существующей статьи	Источники одобрены	09.05.2014
Шадрина, Захаров	Olya_ldvgr, Matvey zaharov 25	FAIRE-Seq		Источники одобрены	09.05.2014
Зотова, Акулич	Umbrella22	ChIP-seq	en:ChIP-sequencing	Источники одобрены	09.05.2014
Антоненко, Шилин	Eka-hal-lo, I.Shilin	Секвенирование древней ДНК	неандертальцы, денисовец и т. д	Источники одобрены	09.05.2014
Осипова	Elosip	Транскриптомика одиночных клеток	методы, проблемы, достижения		15.05.2014
Брильков	brilkov	Секвенирование ДНК одиночных клеток	методы, проблемы, достижения
Шехирева, Залевский	KsushaSh,Aozalevsky	Предсказание вторичной структуры РНК	en:Nucleic_acid_structure_prediction	Источники одобрены	9.05.2014
Аюпов, Андрианов	ARustam, Esquel roche	Мотивы последовательностей (ДНК, РНК и белков)	en:Sequence_motif
Шмаков, Ситник	Arxcaeli, Zaheridor	Белок-белковые взаимодействия	en:Protein–protein_interaction	Перевод	15.05.2014
Поршнев, Шашков	ShashkovS	MEME	принципы работы en:Multiple_EM_for_Motif_Elicitation	Источники одобрены	15.05.2014
Тахавеев, Кондратьев	Vakeel	Cytoscape	зачем нужен, основные применения en:Cytoscape	Источники одобрены	10.05.2014
Балакирева		TopHat	принципы работы, зачем нужен, альтернативы [1]	Источники одобрены	8.05.2014
		визуализация данных РНК-сек	зачем нужно, что рисуют, примеры программ: genome browser, IGV, tablet, sashimi plot (MISO), ...
		SAMtools	и формат bam/sam. зачем нужен, как пользоваться en:SAMtools
		Bioconductor	en:Bioconductor
Гаранина, Гараева	irinagaranina, alice_garaeva	Теплокарта	улучшение существующей статьи	Источники одобрены	9.05.2014
		Sequence logo	может стоит придумать русское название en:Sequence_logo
		Позиционная весовая матрица	Position_weight_matrix
Гущина, Лунева	Gushchina	Генная_онтология	en:Gene_ontology	Источники одобрены	9.05.2014
		Gene set enrichment analysis	GOstat, gorilla, goseq и т.д. Нужно придумать русское название.
Кузькина	karatuk	nj-tree	Нужно придумать русское название. Метод_присоединения_соседей	Перевод английской вики. Согласовано.	12.05.2014
Котляров	Nikmort	Коррекция на множественное тестирование	en:Multiple_comparisons_problem
Мансурходжаев, Васетенков	Tim	KEGG	Описание БД: история, что есть, как пользоваться. en:KEGG	Источники одобрены	11.05.2014
Абдуллаев, Абашкин	, Dmitro_Fbb	Pfam	Описание БД: история, что есть, как пользоваться. en:Pfam	Источники одобрены
Сернова	wild_cat_NVS	UniProt	Описание БД: история, что есть, как пользоваться. en:UniProt	Источники одобрены	08.05.2014
Шарапова, Андреянова	Yana,ekaandreyanova	Формат файлов GFF	en:General_feature_format	Источники одобрены	09.05.2014
Иванова, Цепкова	Della FeniX,	Секвенирование_РНК	улучшение существующей статьи		09.05.2014
		методы изучения редактирования РНК	секция в Секвенирование_РНК
		Энциклопедия_элементов_ДНК	улучшение существующей статьи

(2013 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Участник[и]	Статья	Комментарий	Статус
Александров, Аюпов	Methyl Array	www.illumina.com	Источники одобрены
Вербицкая	Бисульфитное секвенирование	Русская статья сильно меньше английской	Перевод с английского
Анисенко, Золотарев, Галиева	Открытый хроматин	необходимо активное взаимодействие с участниками, пишущими про DNase и FAIRE	Источники одобрены
Братцева, Ибрагимов	DNase-seq	DNase I hypersensitive sites sequencing	Источники одобрены
Изотова	FAIRE-Seq
Гуляева, Козлова	Иммунопреципитация	В списке изначально был RIP-[seq, chip, etc], однако это при отсутствии статьи по иммунопреципитации это как-то преждевременно	Источники одобрены
Ярахмедов, Иванов	Профилирование РНК	Статья должна описывать основные типы анализа клеточной РНК сгруппированные по ее (РНК) типу: по биологическому типу: polyA/not-polyA, short, microRNA, non-coding RNA, etc.; по локализации: цитоплазма, ядро, ядрышко и т.д. - см варианты в ENCODE.
Джумашев, Коннова	Кэп-анализ экспрессии генов	Cap analysis gene expression	Источники одобрены
Калинина	ДНК-микрочип	Существующая статья совсем маленькая	Источники одобрены
Карпов, Евсютина	Секвенирование спаренных концов	Необоходимо написать общую статью про PET и добавить разделы или отдельные статьи про RNA-PET (Карпов) и про DNA-PET (Евсютина)	Источники одобрены
Карпова	Секвенирование РНК	RNA-seq	Источники одобрены
Дзама, Маллохассани	Альтернативный сплайсинг	Существующая статья совсем маленькая.	Источники одобрены
Кирюхина	ChIP-seq	необходимо взаимодействие с авторами статьи про иммунопреципитацию
Лопатина	Определение конформации хромосом	en:Chromosome conformation capture	Источники одобрены
Максимычев	ChIA-PET	en:ChIA-PET	Источники одобрены
Журавлева, Нафеев	Позиционирование нуклеосом		Источники одобрены
Золотарева, Рябичко	Протеомика	Должны быть описаны основные варианты масс-спек анализа протеомов.	Источники одобрены
Караваева, Тухбатова	Профилирование репликации	Repli-chip, Repli-seq	Источники одобрены
Кузнецов	Двугибридный анализ		Источники одобрены
Маслова, Миссарова	Методы секвенирования нового поколения Высокоэффективное секвенирование	Небольшая статья про просто секвенирование уже есть. Следует либо дополнить ее, либо написать новую. В последнем случае надо не забыть добавить ссылку на статью про секвенирование. Необходимо взаимодействие с участниками, пишущими про отдельные методы	Источники одобрены
Медведева, (Ширшиков отказался)	Illumina/Solexa_method	Существует статья про компанию, нужна про принцип метода.
Мигур, Пятницкий	SOLiD		Источники одобрены
Мукосей, Лапшин	Helicos Biosciences		Источники одобрены
Никулина	Polony sequencing		Источники одобрены
Потанин	Ion semiconductor sequencing		Источники одобрены
Нарайкина, Шелякин	Одномолекулярное секвенирование в реальном времени		Источники одобрены
Борисевич	Нанопоровое секвенирование		Источники одобрены
Попков, Сапунов	Картирование коротких ридов	надо подумать над названием	Источники одобрены
Свистунова, Солдатов	Инкубатор:Количественный анализ экспрессии генов		Источники одобрены
Синицын, Ступников	Количественный анализ альтернативного сплайсинга		Источники одобрены
Сливко-Кольчик, Танас	differential (two samples) analysis of gene expression and alternative splicing	надо написать разделы в Количественный анализ экспрессии генов и Количественный анализ альтернативного сплайсинга. Рекомендуется объединить усилия с участниками, пишущими про time series.	Источники одобрены
Червонцева, Тетерина	time series analysis of gene expression and alternative splicing	Дописать необходимые разделы в Количественный анализ экспрессии генов и Количественный анализ альтернативного сплайсинга. Необходимо обратить внимания на все сложные модели (кроме попарных сравнений) а не только на временные зависимости. Рекомендуется объединить усилия с участниками, пишущими про парные сравнения.	Источники одобрены
Чернецова, Труханов	Однонуклеотидный полиморфизм	дописать саму статью и добавить методы поиска	Источники одобрены
Шерстюк, Чуклина, Мухина	Полногеномный поиск ассоциаций	Так как на русском статьи про GWAS нет, то стоит начать с нее, а "SNP imputation" сделать разделом или отдельной страницей - в зависимости от объема.	Источники одобрены
Давтян		Предлагается примкнуть к группе пишущей про GWAS
Балычев	Выравнивание последовательностей	en:Sequence alignment	Перевод с английского