Проект:Добротные статьи/Кандидаты/14 апреля 2020

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Это старая версия этой страницы, сохранённая Eva Tern (обсуждение | вклад) в 11:52, 18 мая 2020 (FANTOM). Она может серьёзно отличаться от текущей версии.
Перейти к навигации Перейти к поиску
В момент номинации статья называлась «Функциональная аннотация геномов млекопитающих»

Статья была ранее кандидатом в добротные статьи, см.: Википедия:Кандидаты в добротные статьи/31 марта 2017#Функциональная аннотация геномов млекопитающих. -- QBA-II-bot (обс.) 10:08, 14 апреля 2020 (UTC)

Выдвигаю статью в добротные впервые. — Eva Tern (обс.) 09:54, 14 апреля 2020 (UTC)

  • (−) Против Рекламный стиль, отсутствие источников, и наоборот, присутствие в тексте голых ссылок на какие-то сайты. Статья сырая, надо дорабатывать, а потом уж номинировать. И, кстати, в прошлой номинации были замечания, они и сейчас не исправлены. — La loi et la justice (обс.) 11:05, 14 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Стиль очень плохой, значительная часть текста не имеет ссылок на источники, ссылки на часть источников не оформлены. The RIKEN Mouse Gene Encyclopaedia Project — систематический подход... Как можно проект определять через подход? Хаяшизаки упоминается в преамбуле, однако в статье нет ни слова о нём. — Bff (обс.) 13:12, 14 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: ФАНТОМ (Функциональная Аннотация геномов Млекопитающих) Это название проекта, то есть имя собственное, поэтому статья, как мне кажется, может называться по-русски только в том случае, если это название встречается на русском языке хотя бы в одном авторитетном источнике. В противном случае не вижу проблем, если статья будет называться FANTOM, а русское название будет идти после английского как перевод. — Bff (обс.) 13:32, 14 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Были добавлены ссылки на источники, исправлены замечания, которые были в предыдущей номинации. Хаяшизаки упоминается в качестве главного автора и дальше присутствует в источниках. — Eva Tern (обс.) 13:05, 16 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Подправлен стиль. — Eva Tern (обс.) 13:06, 16 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Ко всем картинкам должны быть подписи, при этом такие, чтобы можно было понять, что на картинке изображено — Bff (обс.) 14:59, 21 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Не рекомендуется интегрировать ссылки на внешние источники прямо в текст, все такие ссылки надо переделать на сноски. — Bff (обс.) 15:09, 23 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Добавила подписи к картинкам. — Eva Tern (обс.) 16:58, 23 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Ссылки на внешние источники переделаны в сноски. — Eva Tern (обс.) 17:50, 23 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Видимо, какая-то ошибка. Снова отредактировала изображения, @Bff:. — Eva Tern (обс.) 18:55, 23 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: До сих пор не все утверждения закрыты сносками. — Роман Курносенко (обс.) 06:13, 11 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: По прежнему не вся информация закрыта сносками. Сноски ставятся ДО знаков препинания, сейчас в статье они стоят вразнобой. — --с уважением, Lapsy 10:08, 14 мая 2020 (UTC)
    • Исправили, @Lapsy:.
  • (!) Комментарий: Я убрала избыточную викификацию и дубли источников. — Eruvanda (обс.) 18:17, 14 мая 2020 (UTC)
  • (+) За Думаю, теперь статья соответствует статусу. Имевшиеся на момент номинирования проблемы с проверяемостью и стилем исправлены. — Eruvanda (обс.) 18:18, 14 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: "прийти от понимания «элементов» — транскриптов до понимания «системы»" -- лучше "к пониманию". Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • Картинка "Развитие FANTOM" точно под CC BY? На сайте я вижу только, что CC BY действует для данных проекта, а эта картинка с обложками и фотографиями, по-моему, к данным не относится. Тот же вопрос к другим картинкам. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • Мне кажется, стоит указать, когда фактически началась работа над FANTOM1. судя по картинке, в 2000-м, но в тексте этого нет (а на картинке, помимо спорной лицензии, поди разгляди ещё эти даты). Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • оцРНК -- мне кажется, лучше без сокращения, раз некуда дать викиссылку. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • Не совсем понятно: информация про получение кДНК из подразделов раздела "FANTOM1" -- она к чему именно? Это то, чем занимались в проекте Mouse Encyclopedia? А в следующие 10 лет технологии не изменились? Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • Проект FANTOM2[10] состоял из трёх частей: собрания «Typhoon», телеконференции MATRICS и собрания «Cherry Blossom» -- формулировка хоть и прямиком из источника, но неудачная. Понятно, что эти собрания -- не сами части проекта, а лишь вехи, обсуждение уже сделанной работы.
  • "предусмастривает использование большого количества онлайн ресурсов" -- опечатка в первом слове, "онлайн-ресурсов" через дефис, да и вообще не очевидно, нужна ли эта фраза. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • "подготовления" -- подготовки. "CAGE]" -- лишняя скобочка. "ранскрипционного" -- опечатка, видимо. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • Что такое "сложность транскриптома", которую предполагалось вычислить и аннотировать? Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • В подразделе "MATRICS-RELOADED" сноска подтверждает лишь последнюю фразу. А ведь предшествующее утверждение весьма нетривиально: мне вовсе не очевидно, что работа по аннотированию выполнялась прямо в ходе телемоста. Возможно, в других разделах подобная же ситуация, я проверял не всё. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • "продолжается по настоящее время" -- надо исправить на что-то вроде "на 2020 год ещё продолжается". Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • "после пересечения этого атласа экспрессии с другими <...> наборами данных" -- не совсем понятно, что имеется в виду. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • в общей FANTOM database -- я думаю, можно смело написать "в общей базе данных FANTOM". Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • Ссылки на веб-страницы в сносках лучше завернуть в {{cite web}}. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • "ФАНТОМ" по-русски встречается в тексте статьи ровно один раз. Видимо, по ошибке. Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • Я правильно понимаю, что в статье не приведено ни одного источника, посвящённого проекту FANTOM и при этом независимого от самого проекта? Если так, весьма желательно найти такой источник. — Браунинг (обс.) 12:55, 17 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: "Картинка "Развитие FANTOM" точно под CC BY? На сайте я вижу только, что CC BY действует для данных проекта, а эта картинка с обложками и фотографиями, по-моему, к данным не относится. Тот же вопрос к другим картинкам." – Все картинки точно под CC BY, так как тоже являются данными проекта. Картинки «Атлас длинных некодирующих РНК человека», «Атлас экспрессии промоторов млекопитающих», «Переоценка транскриптома тучных клеток человека методом deepCAGE» относятся к той части текста, в которой они находятся – FANTOM5. Хотели таким образом разбавить текст, но если вы считаете, что это лишнее, можем убрать. Первая же картинка напрямую показывает этапы работы проекта, чему в статье посвящен почти весь текст, думаю, она имеет право на существование в этой статье.
    • Мне не кажется, что эта картинка относится к "данным", так что я не готов присвоить статус статье, не получив хоть одно независимое мнение на этот счёт. У другого избирающего, естественно, может быть иное мнение. Про другие картинки я не так переживаю, поскольку творческого содержания они вроде бы не имеют, а только более-менее механически визуализируют пресловутые данные. — Браунинг (обс.) 20:17, 17 мая 2020 (UTC)
      • Убрали первую картинку про историю развития FANTOM.Eva Tern (обс.)
  • "Мне кажется, стоит указать, когда фактически началась работа над FANTOM1. судя по картинке, в 2000-м, но в тексте этого нет (а на картинке, помимо спорной лицензии, поди разгляди ещё эти даты)." – о дате начала работы написано в первом абзаце – «международный исследовательский консорциум, основанный доктором Хаяшизаки[1] и его коллегами в 2000 году».
    • В статусных статьях преамбула обычно кратко излагает основное содержание статьи и не содержит ничего такого, чего нет в остальной статье (за некоторыми исключениями). Так что 2000-й год стоит вписать и в раздел про историю тоже. — Браунинг (обс.) 20:17, 17 мая 2020 (UTC)
  • "Не совсем понятно: информация про получение кДНК из подразделов раздела "FANTOM1" -- она к чему именно? Это то, чем занимались в проекте Mouse Encyclopedia? А в следующие 10 лет технологии не изменились?" – это стандартный протокол, который используется повсеместно, как тогда, так и сейчас. Совершенствуется только методика, но ее здесь описывать незачем. В тексте подразделов раздела "FANTOM1" все про это написано (то есть зачем эта кДНК и для чего она была использована).
    • С содержательной точки зрения-то более-менее понятно. Вопрос скорее организационный. Как я понимаю, все эти манипуляции с кДНК делались сначала в рамках проекта Mouse Encyclopedia. (Кстати, что такое "потенциал кодирующего генома"? Вижу, в источнике это есть, но в Википедии вроде нигде нет.) FANTOM1, как я понимаю из статьи, обрабатывал данные Mouse Encyclopedia и никаких "мокрых" исследований не делал. А уже следующие проекты FANTOM стали включать получение кДНК. Так или нет? Если нет, то из статьи это не очень понятно (мне, во всяком случае). А если да, то описание протокола получения кДНК странновато смотрится в разделе, посвящённому конкретно FANTOM1, в рамках которого это всё не делалось. — Браунинг (обс.) 20:17, 17 мая 2020 (UTC)
      • Вообще, делал, об этом сказано в финальной статье проекта FANTOM1 (в разделе методы), хотя в их преамбуле можно сделать иной вывод. Имело в виду, что во всех частях проекта был использован стандартный протокол получения кДНК. И эта технология, которая есть в тексте, была ими доработана на основе имеющихся тогда. То есть это стандартный протокол, но усовершенствованный ими (см. текст после «Технологии получения полноразмерных кДНК»). Именно это и хотелось показать. Это в разделе FANTOM1, так как с него все и началось. «Потенциал кодирующего генома» - дело в том, что тогда было совершенно не ясно, что геном млекопитающих широко транскрибируется даже с элементов ретротранспозонов, которые ранее считались нежелательной ДНК – проект это прояснил.Eva Tern (обс.)
  • ""предусмастривает использование большого количества онлайн ресурсов" -- опечатка в первом слове, "онлайн-ресурсов" через дефис, да и вообще не очевидно, нужна ли эта фраза." – нужна, так как подобным проектам свойственно создание программного обеспечения, здесь же – все основано на онлайн-ресурсах.
  • "Я правильно понимаю, что в статье не приведено ни одного источника, посвящённого проекту FANTOM и при этом независимого от самого проекта? Если так, весьма желательно найти такой источник." – Я думаю, это не имеет смысла для подобного проекта, результаты которого публикуют авторы в статьях в таких журналах как Nature напрямую. Ссылки на статьи указаны в тексте.
    • Имеет-имеет. ВП:ОКЗ строго требует освещение в независимых источниках. Я не говорю, что всё надо подтверждать независимыми источниками — если первичный источник опубликован в таких авторитетных журналах, то да, его можно использовать напрямую. Но независимые источники должны быть. Когда есть несколько веток беседы, чтобы не копировать всё, можно не пользоваться кнопкой "Комментарий", а отредактировать раздел обычным образом, отвечая в каждой ветке отдельно, как я сейчас сделал.Браунинг (обс.) 20:17, 17 мая 2020 (UTC)
  • "Что такое "сложность транскриптома", которую предполагалось вычислить и аннотировать?" – пояснили в тексте.
  • "после пересечения этого атласа экспрессии с другими <...> наборами данных" — не совсем понятно, что имеется в виду." – пояснили в тексте.
  • Все опечатки исправили. Eva Tern (обс.)

Военный инженер-артиллерист, конструктор, Герой Соцтруда (посмертно). Статья неактивного автора полностью переработана и дополнена. — Yuri Rubtcov (обс.) 12:09, 14 апреля 2020 (UTC)

Итог

✔ Статья избрана. Требованиям ВП:ТДС соответствует. — Пппзз (обс.) 20:43, 28 апреля 2020 (UTC)

Номинирую статью впервые. — E.caterina Ryu (обс.) 18:19, 14 апреля 2020 (UTC)

  • (!) Комментарий: Примеры для установки следует убрать, ибо ВП:НЕИНСТРУКЦИЯ. — La loi et la justice (обс.) 08:35, 15 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Убрали примеры для установки (если правильно поняли комментарий выше). — E.caterina Ryu (обс.) 17:23, 15 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Не все утверждения (отдельные предложения и абзацы) в статье подтверждены сносками. — Роман Курносенко (обс.) 06:16, 11 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Добавлены сноски ко всем утверждениям. - Romanbioengee (обс.) 17:23, 15 апреля 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: В разделе «Пост-обработка данных полученных с помощью Oxford Nanopore» нужно убрать ссылки из тела статьи. — --с уважением, Lapsy 10:20, 14 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Исправили внешние ссылки в пост-обработке (сделали сносками). - E.caterina Ryu (обс.) 11:51, 14 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Я подправила оформление источников и избыточную викификацию, но в статье еще есть недочеты: в нескольких местах нет ссылок на источники (см. запросы источников по тексту), а список в разделах про недостатки и достоинства надо сделать связным текстом. Я бы эти разделы объединила в один. — Eruvanda (обс.) 19:41, 14 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Учтены запросы на источники, а также разделы про недостатки и достоинства был объединён в один пункт - Romanbioengee (обс.) 00:53, 15 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: В разделе "Экзонуклеазное секвенирование" всё ещё нет ссылок на источники. — Eruvanda (обс.) 10:29, 16 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Там была общая ссылка, проставила и конкретно под экзонуклеазным секвенированием - теперь везде все есть, вроде. - E.caterina Ryu (обс.) 11:51, 14 мая 2020 (UTC)
  • (+) За После устранения недочетов статья соответствует статусу добротной. — Eruvanda (обс.) 14:15, 16 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Мелочи: не удалён один (не актуальный, видимо) запрос источника, забыта точка в конце раздела "Преимущества и недостатки", а в начале раздела "Oxford Nanopore Techonologies" (кстати, опечатка в третьем слове) после сноски после "п. о." вторая точка, наоборот, не нужна. "10-20 миллионов" -- ВП:Тире требует длинное тире. "снабжён USB 3.0 разъём", "Ячейка позволяют" -- что-то не так. Браунинг (обс.) 13:16, 17 мая 2020 (UTC)
  • Слово "перспективный" без атрибуции лучше не употреблять: понятно, что фирма, разрабатывающая тот или иной метод, считает его перспективным. Браунинг (обс.) 13:16, 17 мая 2020 (UTC)
  • В нескольких местах "На данный момент" надо заменить на что-то вроде "На 2020 год". Браунинг (обс.) 13:16, 17 мая 2020 (UTC)
  • Анонимный пост на Хабре -- увы, не АИ. Браунинг (обс.) 13:16, 17 мая 2020 (UTC)
  • А что, кроме Oxford Nanopore Technologies, вообще никто не предлагает нанопоровые секвенаторы? Браунинг (обс.) 13:16, 17 мая 2020 (UTC)
  • Раздел "Принцип работы" опирается на единственный источник -- статью, посвящённую конкретному эксперименту. Это точно, что эти принципы универсальны для всей области нанопорового секвенирования? — Браунинг (обс.) 13:16, 17 мая 2020 (UTC)
  • (!) Комментарий: Все недочеты были устранены. Добавил достоверных источников вместо статьи на хабре. "А что, кроме Oxford Nanopore Technologies, вообще никто не предлагает нанопоровые секвенаторы?" - Да на данный момент метод нанопоровые секвенаторы предлагает лишь один производитель. Также в разделе "Принципы работы", указанные свойства являются универсальными для всей области нанопорового секвенирования, так как это основа данной технологии. - Romanbioengee (обс.) 20:02, 17 мая 2020 (UTC)
    • Есть две сноски, ведущие на одну и ту же статью на F1000Research — лучше схлопнуть их в одну, используя ref name. Прошу прощения, а где именно в той статье, которая вместо статьи на Хабре теперь, указаны те сведения, которые она должна подтверждать? Что касается принципов работы: у реально работающих нанопоровых секвенаторов они такие, однако раз уж в статье говорится о предложенных альтернативных вариантах устройста самой нанопоры, например на основе графена, то стоит (хотя бы и без подробностей) упомянуть и альтернативные варианты принципа работы — вот тут, например, предлагается измерять ток через сам графен без всяких ионов. Я понимаю, что это гораздо менее значимо, чем то, как работают реальные нанопоровые секвенаторы, но упомянуть об этом всё же стоит хотя бы из терминологических соображений — чтобы было ясно, что это тоже нанопоровое секвенирование, хоть и гипотетическое. — Браунинг (обс.) 19:43, 17 мая 2020 (UTC)

Парусный линейный корабль Черноморского флота, головной в своей серии Махмудов. — Karachun (обс.) 23:17, 14 апреля 2020 (UTC)

  • Поэтому и уточняю. Для многих кораблей, строившихся перед Крымской войной, уточняется Главное и Спасское адмиралтейства Николаева. Karachun (обс.) 20:18, 15 апреля 2020 (UTC)
  • Официальное название - Николаевское адмиралтейство, остальное (Главное, Первое) - разговорно-определяющее. Yuri Rubtcov (обс.) 04:52, 16 апреля 2020 (UTC)
  • (+) За, статья требованиям ДС соответствует, несмотря на сомнения по названию в статье адмиралтейства, викиссылка на адмиралтейство правильная.Yuri Rubtcov (обс.) 08:02, 16 апреля 2020 (UTC)

Итог

✔ Статья избрана. Требованиям ВП:ТДС соответствует. — Пппзз (обс.) 00:28, 25 апреля 2020 (UTC)