Клуб основан в 2005 году под названием «Вииторул». В сезоне 2008/09 выиграл Дивизион «А» первенства Молдавии и завоевал право выступать в Национальном дивизионе. В дебютном сезоне на высшем уровне занял восьмое место. В 2010 году клуб сменил первоначальное название на «Милсами». По итогам сезона 2012/13 команда заняла четвёртое место, что позволило ей играть в Лиге Европы 2013/14. В первом отборочном раунде «Милсами» обыграл люксембургский «Ф91 Дюделанж»[2], во втором раунде было два ничейных результата против «Шахтёра» из Солигорска со счётом 1:1, в серии послематчевых пенальти орхейский клуб оказался сильнее[3]. В третьем раунде в соперники команде достался французский клуб «Сент-Этьен»[4], оба матча «Милсами» проиграл со счётом 0:3[5][6]. В сентябре 2013 года в отставку подал Штефан Стойка, а в ноябре этого же года наставником клуба стал бывший главный тренер сборной РоссииГеоргий Ярцев[7]. Первую игру под руководством нового тренера команда выиграла у кишинёвского «Зимбру» со счетом 4:2[8]. Однако финишировали орхейцы шестыми, впервые в четырёхлетней истории клуба не сумев попасть в еврокубки. Из-за проблем со здоровьем Ярцев покинул Молдову ещё в первой половине мая 2014, а сезон «орлы» доигрывали под руководством Осипенко, который был ассистентом россиянина, а в июле стал новым главным тренером клуба[9]. В сезоне 2014/15 клуб впервые в своей истории стал чемпионом Молдавии, в решающем матче команда обыграла кишинёвскую «Дачию» со счётом 2:1[10].
23 мая 2018 года в финале Кубка Молдовы команда обыграла кишиневский «Зимбру» со счетом 2-0 и второй раз в своей истории стала обладателем этого трофея[11].
Текущий состав
По состоянию на Неверный формат даты. Укажите в первом параметре дату в формате ГГГГ-ММ-ДД.
«Милсами»
«Динамо» Тбилиси
«Актобе»
«Ф91 Дюделанж»
«Шахтёр» Солигорск
«Сент-Этьен»
«Лудогорец»
«Скендербеу»
«Слован» Братислава
«Сараево»
Чемпион Молдавии (1): 2014/15
Финалист (1): 2015/16
