Стоктон имеет репутацию города с высоким уровнем преступности по сравнению с другими городами региона. Администрация города приложила ряд усилий по благоустройству публичных мест, используя стратегию построенную на «теории разбитых окон», которая связывает сокращение уровня преступности с благоустройством и ремонтом последствий вандализма. Тем не менее, журнал Forbes поместил Стоктон в список наиболее опасных городов США на 5 место.[1] Город занимает второе место по уровню тяжких преступлений в Калифорнии.