Футбольный клуб «Спартак-2» был основан в 2013 году. Основу клуба составили игроки дублирующего состава «Спартака». «Спартак-2» был заявлен для участия в первенстве второго дивизиона в зоне «Центр», где в сезоне 2013/14 занял 4-е место. В сезоне 2014/15 переведен в зону «Запад».
24 мая 2015 г. досрочно заняли первое место в дивизионе и завоевали путёвку в Футбольную национальную лигу, крупно победив «Зенит-2» (3:0) в 28-м туре чемпионата[1].