Команда с берегов Балтийского моря была создана при управлении экспедиционного лова рыбы города Калининграда 22 декабря 1954 года под названием «Пищевик» и дебютировала в первенстве РСФСР среди Коллективов Физической Культуры (КФК) в 1955 году. В северной зоне первенства калининградцы заняли 4 место из 7 команд, а на следующий год «Пищевик» становится уже финалистом первенства РСФСР и розыгрыша Кубка РСФСР. С 1957 года команда выступает в первенстве СССР по классу «Б». В 1958 году команда получает новое имя «Балтика». В период с 1957 по 1965 выступает в классе «Б», где трижды занимает 2-е место (1959, 1961, 1962), в 1969 году занимает 10-е место во второй группе класса «А», а в 1984 году побеждает в зональном турнире второй лиги СССР.
Качественные изменения произошли в 1992 году, когда на фоне политических и экономических изменений в стране в команду пришёл заслуженный тренер РоссииКорней Шперлинг. В 1992 году «Балтика» занимает первое место в пятой зоне второй лиги. «Балтика» становится одним из лидеров Первой лиги, в 1994 году став бронзовым призёром турнира, а в 1995, под руководством заслуженного тренера УкраиныЛеонида Ткаченко с большим отрывом от соперников выиграла Первую лигу.
Следующие три сезона «Балтика» провела в Высшей лиге. Первый же год выступления в высшей лиге стал лучшим в истории калининградского клуба — команда заняла седьмое место, благодаря, в первую очередь, очень уверенной игре дома, в том числе с лидерами — победы над будущим чемпионом — московским «Спартаком» и действующим — владикавказской«Аланией», а также победы над ЦСКА, «Торпедо», «Крыльями Советов» и другими сторожилами лиги. В следующем сезоне «Балтика» проиграла всего 7 матчей из 34, что стало четвёртым результатом в Лиге (после трех призёров), но обилие ничьих не позволило команде занять высокое место, и «Балтика» финишировала девятой. В следующем сезоне «Балтика» впервые в своей истории принимала участие в еврокубковых матчах, дойдя до 3-го раунда Кубка Интертото. Возможно, именно участие в этом турнире сыграло злую шутку с «балтийцами». Все матчи проходили в упорной борьбе, но команде не везло, и в конце сезона, заняв 15-е место, «Балтика» покинула элиту российского футбола. Всего калининградцы за 3 сезона в высшей лиге провели 98 игр (30 побед, 37 ничьих, 31 поражение).
В декабре 1998 года новым генеральным директором клуба стал Дмитрий Чепель, назначивший главным тренером Владимира Дергача. Перед командой была поставлена задача возвращения в высший эшелон российского футбола. Первый круг команда закончила на первом месте. В перерыве между кругами внутри команды возник конфликт игроков с тренером, к которым, по их мнению, Дергач относился высокомерно[3]. В итоге в сезоне 1999 года «Балтика» заняла лишь 5-е место и не выполнила задачу выхода в высший дивизион. После этого сезона клуб покинула группа лидеров, состав существенно ослабился, началась тренерская чехарда.
Нестабильные 2000-е
В период с 1999 по 2011 год в «Балтике» порядка 20 раз менялся главный тренер. Естественно, в такой ситуации команде было сложно добиться существенных успехов. Сезон 2000 году «Балтика» завершила на 12 месте, а в 2001 году крепкий середняк первого дивизиона и вовсе опустился в зону «Запад» второго дивизиона. Под руководством литовского специалиста Беньяминаса Зелькявичюса «Балтика» выступила безоговорочным фаворитом турнира 2002. С огромным отрывом (31 очко) от тульского «Арсенала», занявшего второе место, она финишировала с 35-ю победами при З-х ничьих в 38 матчах и с разницей забитых и пропущенных мячей +89 (109-20). В 2003 году «Балтика» под руководством Зелькявичюса занимает 7-е место. Но после этого сезона литовский специалист покинул клуб, и «Балтика» в следующем сезоне, заняв 20 место, вновь вылетает во второй дивизион. За один сезон у команды получилось вернутся в первый дивизион - «Балтика» стала первой. В 2006 и 2007 годах «балтийцы» занимают, соответственно, 14-е и 15-е место. Следующие два сезона были более удачны — 7-е место в 2008 и 9-е в 2009. В 2010 команда вновь опускается вниз таблицы, и финиширует в шаге от зоны вылета — на 15-м месте.
Сезон 2011/2012 начался для «Балтики» неудачно, с первых туров клуб опустился в зону вылета и находился там почти всю первую половину первенства. В середине июля главным тренером был назначен Евгений Перевертайло. Судьба команды решалась в последнем туре в домашней встрече с прямым конкурентом в борьбе за выживание - оренбургским «Газовиком», в котором калининградцы победили со счётом 2:1, тем самым отправив «Газовик» во второй дивизион. Следующий сезон оказался самым успешным для команды за последние 14 лет. Балтийцы заняли 5-е место, оказавшись в шаге от стыковых матчей. Боеспособный коллектив впервые с 1999 года мог реально претендовать на выход в Премьер-Лигу. Но недостаточные финансовые возможности, не позволили команде бороться за первые места, и в сезоне 2013/2014 «Балтика» финишировала на 9 месте. В межсезонье команду покинула группа лидеров — Вотинов, Сысуев, Чиркин и Зимулька сменили клубы, но несмотря на кадровые потери, «Балтика» уверенно начала сезон, выдав беспроигрышную серию из семи матчей со второго по девятый тур. В дальнейшем с 7 по 20 тур была одержана всего одна победа. Основной проблемой являлась слабая атакующая линия - в 20 турах забито 17 мячей. В защите всего один раз в 20 турах «Балтика» пропустила больше двух мячей. В конце 2014 года у «Балтики» сменился тренер — команду возглавил Сергей Юран. Перед ним были поставлены две задачи — сохранить прописку в первом дивизионе в сезоне 2014/15, и вывести клуб в Премьер-лигу к 2017 или 2018 году[4]. Задачу в сезоне 2014/2015 команда выполнила, в упорной борьбе сохранив место в ФНЛ. 16 июня 2015 Юран сообщил о том, что покидает «Балтику»[5]. После окончания сезона в клубе произошли серьезные изменения, в связи с осложнившейся финансовой обстановкой, клуб покинул главный тренер, а также практически все игроки, остались только девять человек: Сергей Цуканов, Евгений Овсиенко, Виталий Запрудских, Алексей Алексеев, Виталий Каленкович, Алексей Куцеро, Григорий Постаногов, Евгений Бутаков и Денис Вамбольт. В межсезонье клуб пополнил ряд игроков, ранее выступавших за бело-синих, а также местные воспитанники и несколько перспективных игроков из других команд. Несмотря на серьезные кадровые потери и финансовые проблемы, команда удачно стартовала в сезоне 2015/2016, проведя первые шесть матчей без поражений, однако к середине сезона скатилась во вторую половину турнирной таблицы, а потерпев шесть поражений подряд в заключительных турах впервые после 2004 года должна была вылететь из ФНЛ, однако, благодаря ликвидации нижегородской "Волги", избежала перехода во второй дивизион[6].
Примечание: посещаемость свыше заявленной вместительности стадиона (14 660 мест) обусловлена продажей билетов не только на сидячие, но и на стоячие места. Данные о посещаемости взяты с сайта Sportbox.ru.
Тренировочный процесс команда проводит на учебно-тренировочной базе «Сокол» (улица Химическая, 45).
Скандал с заявлением губернатора Цуканова
27 июня 2013 года на встрече с общественностью, говоря о достижениях администрации области в деле поддержки «Балтики», губернатор Калининградской области Николай Цуканов публично заявил, что в сезоне 2012—2013 команда могла занять высокое 2-3-е место, которое дало было ей право на автоматический переход в Премьер Лигу или, по крайней мере, на участие в дополнительном турнире за право перехода. Но губернатор, по его словам, «попросил» команду не занимать такого места, мотивировав это тем, что у акционеров нет денег на содержание «Балтики» в Премьер Лиге.[10] После того, как многие СМИ перепечатали заявление губернатора, он обвинил журналистов в искажении его слов, но не указал, что именно было искажено или подвергнуто неточной интерпретации[11]. Буквально Цуканов сказал следующее:
"Наша команда сегодня занимает пятое место по итогам сезона, могла занять второе и выйти в Премьер-лигу. Я попросил их этого не делать. Потому что денег у нас не столько, чтобы Премьер-лигу содержать[12]