Клуб основан в 2001 году под именем ФК «Диттон» (латыш.FK Ditton) бизнесменом Владиславом Дриксне, владельцем одноимённой фирмы. Всего за несколько лет клуб прошёл путь от чемпионата Даугавпилса до Высшей лиги чемпионата Латвии, в которой дебютировал в 2004 году. Дебют в классе сильнейших оказался для «Диттона» неудачным и клубу пришлось покинуть Высшую лигу. 2005 год клуб начинал молодёжным составом, однако по ходу сезона усилился опытными игроками и с ходу завоевал путевку в Высшую лигу.
К сезону 2006 года в «Диттон» пришли новые инвесторы. В клуб пришёл известный футбольный агент из России Евгений Култаев. Который посоветовал Дриксне, чтобы тренировать команду был приглашен известный в прошлом российский футболист Сергей Юран, которого уже в июле, сменил не менее именитый Сергей Кирьяков. По итогам чемпионата клуб успешно занял рекордное для себя 5-е место.
В конце 2006 года главным акционером клуба стал Игорь Малышков, известный российский предприниматель, уроженец Даугавпилса. Принимается решение о переименовании клуба в ФК «Даугава». В настоящее время принята программа развития инфраструктуры футбольного клуба, строительства стадиона. На должность главного тренера был приглашен Сергей Петренко, известный по работе в московском «Торпедо», который, впрочем, покинул клуб уже в мае 2007 года «по семейным обстоятельствам». В июне 2007 года главным тренером команды назначен Игорь Гамула, затем команду возглавил Михаил Землинский, но 17 августа2008 года его вновь сменил Гамула.
19 июля2008 года в Даугавпилсе состоялось открытие стадиона «Даугава» (реконструированный стадион ДВВАИУ), имеющего 1200 сидячих мест на крытой трибуне, адрес стадиона: ул. Даугавас, 38.
8 февраля2009 года в связи с финансовыми проблемами ФК «Даугава» было объявлено о слиянии ФК «Динабург» и ФК «Даугава» в единую команду «Динабург» к Чемпионату Латвии 2009 года. После дисквалификации ФК «Динабург», решено разрешить команде первой лиги «Даугава» выступать в Высшей лиге в 2010 году за город Даугавпилс.
7 марта 2014 года комиссия ЛФФ по лицензированию клубов отклонила заявку «Даугавы» о присвоении лицензии ЛФФ-А, необходимой для участия в сезоне 2014 года[1]. 20 марта 2014 года комиссия ЛФФ по апелляциям присвоила клубу лицензию ЛФФ-А[2].
30 января 2015 года комиссия ЛФФ по лицензированию клубов отклонила заявку «Даугавы» о присвоении лицензии ЛФФ-А, необходимой для участия в сезоне 2015 года[3]. 13 февраля 2015 года комиссия ЛФФ по апелляциям отклонила апелляционную жалобу клуба[4]. Таким образом, клуб потерял право выступать в Высшей лиге.
По состоянию на декабрь 2015 года клуб не исполнил решения юридических комиссий ЛФФ о выполнении обязательств перед бывшими игроками[5]. 22 декабря 2015 года решением правления ЛФФ клуб был исключён из членов федерации[5].
Эдгарс Лиманс
Иван Табанов
Обладатель (1): 2008.
Геннадий Пашин (2001—2002)
Сергей Юран (январь 2006 — июнь 2006)
Тамаз Пертия (июнь 2010 — июль 2011)
Иван Табанов (май 2012 — декабрь 2013)
Геннадий Орбу (июнь — август 2014)
