Клуб был основан 7 июня 1922 года. Большую часть своей истории «Понферрадина» провела в низших лигах чемпионата Испании (Терсере и Сегунде Б). 5 сентября 2000 года был открыт новый стадион клуба — «Эль Торалин», который заменил старый стадион «Фуэнтеснуэвас»; матчем открытия был товарищеский матч против «Сельты», который выиграли гости со счетом 2:0. В сезоне 2006/07, «Понферрадина» впервые вышла в Сегунду, но немедленно вылетела назад, заняв 20-е место из 22-х. В сезоне 2009/10 «Понферрадина» возвратилась в Сегунду: победив в своей группе с 75 очками, в полуфинале плей-офф был обыгран «Сант-Андреу» по пенальти (после победы и поражения со счетом 1:0 дома и в гостях). Затем в финале лиги клуб проиграл «Гранаде» со счетом 0:1 по сумме двух матчей.