Впервые мини-футбольная команда появилась у «Барселоны» в 1978 году, однако в 1982 году она прекратила своё существование. В 1986 году команда была воссоздана. Ныне она играет в Примере, проводя свои домашние матчи во Дворце Спорта Блауграна.
Перед сезоном 2010/11 «Барселона» значительно усилилась, туда перешли лучший бомбардир предыдущего первенства бразилец Вилде, один из лидеров испанской сборной Торрас и перспективный Лин. Такая селекция дала плоды: в феврале 2011 года, обыграв в финале «Эль-Посо», сине-гранатовые стали обладателями кубка Испании по мини-футболу. А в мае они вначале стали победителями регулярного чемпионата, а затем обыграли в финале Королевского кубка другой испанский суперклуб «Интер Мовистар». Итогом сезона стала победа в плей-офф и первый в истории клуба титул чемпиона Испании. В следующие два сезона "Барселона" вновь становилась первой, доведя количество титулов чемпиона Испании до трех. Кроме того клуб успешно брал Кубок и Королевский кубок Испании.
В сезоне 2011/12 "Барселона" успешно дебютировала в Кубке УЕФА по мини-футболу, выиграв этот турнир. В апреле 2012 в финале было повержено подмосковное "Динамо" со счетом 3:1. Однако следующий европейский сезон стал неудачным для "сине-гранатовых". В полуфинале Кубка УЕФА они уступили алма-атинскому "Кайрату" 4:5. Однако через год, в сезоне 2013/14 годов "Барселона" вновь выиграла титул. И вновь в финале обыграно "Динамо" (5:2, в дополнительное время). В сезоне 2014/15 на пути "Барселоны" к третьему Кубку УЕФА вновь встал "Кайрат", на этот раз в финале, свергнув "сине-гранатовых" с трона (3:2).