Футбольную карьеру Боканегра начал в футбольной команде Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе. 20 января 2000 года Боканегра подписал контракт с MLS по программе Project-40[англ.][5]. На Супердрафте MLS 2000 он был выбран под общим четвёртым номером командой «Чикаго Файр»[6][7], за которую он впоследствии выступал четыре года. В январе 2004 года Боканегра переходит в английский «Фулхэм»[8], в котором он также провёл четыре сезона. В сезоне 2006/07 он, несмотря на то, что играет на позиции защитника, стал с пятью мячами вторым бомбардиром команды. С 2008 по 2010 годы футболист выступал за французский «Ренн». 23 июля 2010 года подписал двухлетний контракт с «Сент-Этьеном»[9].
1 июля 2013 года подписал контракт с американским клубом «Чивас США»[10][11]. После окончания сезона MLS 2014 Боканегра завершил карьеру футболиста[12][13][14].
В национальной сборной Боканегра дебютировал 9 декабря 2001 года в товарищеском матче с Южной Кореей, заменив в перерыве между таймами Диего Гутьерреса[15]. В общей сложности провёл за взрослую сборную 110 матчей в которых забил 14 голов. С 2007 года Боканегра являлся капитаном сборной США, в 2013 году его сменил Клинт Демпси.
США
Мексика[3]
Медиафайлы на Викискладе
