Нынешний спортивный клуб «Падерборн 07» был образован в 1985 году как TuS Paderborn-Neuhaus после слияния TuS Schloss Neuhaus и 1.FC Paderborn. Оба этих клуба в своё время также были продуктом объединения клубов. В своё время клуб TuS Schloss Neuhaus образовался в результате слияния TuS 1910 Sennelager и SV 07 Neuhaus. Цифры в названии «Падерборна 07» являются ссылкой на клуб из Нойхауса, который был основан в 1907 году.
Большую часть 1980-х недавно объединённый клуб принимал участие в Оберлиге «Вестфалия», где они стабильно были одними из лидеров, однако никогда не добивались повышения в классе. В 1994 году клуб выиграл лигу и, соответственно, квалифицировался в плей-офф раунд повышения в классе. Команда проиграла «Айнтрахту» из Брауншвейга и «Фортуне Дюссельдорф», однако получила место в новом третьем дивизионе немецкого футбола — Regionalliga West/Südwest. Исключая один вылет в четвертый дивизион, клуб стабильно добивался удовлетворительных результатов и регулярно выступал в Кубке Германии.
По итогам сезона 2013/2014 Второй Бундеслиги «Падерборн 07» занял второе место в турнирной таблице и впервые в своей истории удостоился права выступать в высшем дивизионе чемпионата Германии[2]. Начало дебютного сезона клуба в Бундеслиге сложилось для «Падерборна 07» очень удачно — после четырёх туров чёрно-синие оказались на первом месте турнирной таблицы. Однако затем последовал спад, и в итоге команда закончила сезон на последнем месте[3].