孫兆奎（？—1647年），字君昌，明末南直隶蘇州府吳江縣人。
崇祯九年（1636）舉人。崇禎十七年（1644年），孫兆奎到揚州投奔史可法。揚州失守，史可法陣亡。赴吳江。清順治四年（1647年），與同縣吳易率領數千人起義抗清，屯兵長白蕩，號稱孫吳兵。戰敗被清兵捉至南京白下城。
全祖望《梅花嶺記》記孫兆奎：「吳中孫公兆奎以兵不克，執至白下。經略洪承疇與之有舊，問曰：『先生在兵間，審知故揚州閣部史公果死邪，抑未死邪？』孫公答曰：『經略從北來，審知故松山殉難督師洪公果死邪，抑未死邪？』承疇大恚，急呼麾下驅出斬之。」包捷聞之，哭於內橋。
