孙兆奎（？—1647年），字君昌，明末南直隶苏州府吴江县人。
崇祯九年（1636）举人。崇祯十七年（1644年），孙兆奎到扬州投奔史可法。扬州失守，史可法阵亡。赴吴江。清顺治四年（1647年），与同县吴易率领数千人起义抗清，屯兵长白荡，号称孙吴兵。战败被清兵捉至南京白下城。
全祖望《梅花岭记》记孙兆奎：“吴中孙公兆奎以兵不克，执至白下。经略洪承畴与之有旧，问曰：‘先生在兵间，审知故扬州阁部史公果死邪，抑未死邪？’孙公答曰：‘经略从北来，审知故松山殉难督师洪公果死邪，抑未死邪？’承畴大恚，急呼麾下驱出斩之。”包捷闻之，哭于内桥。
