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蛋白質亞基、蛋白亞基或亞基蛋白在結構生物學中是指參與組成蛋白質複合物（寡聚體或多聚體）的單個蛋白質分子。一個蛋白質亞基就是一條多肽鏈，而一條多肽鏈是由一個基因所編碼，這就意味著每個亞基都由一個基因編碼。
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