翻译后修饰
外观
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翻译后修饰(英語:Post-translational modification,縮寫PTM;又稱後轉譯修飾)是指蛋白質在翻译後的化學修飾。對於大部份的蛋白質來說,這是蛋白質生物合成的較後步驟。PTM是細胞信號傳導中的重要組成部分。
蛋白質,或是多肽,是多條或一條胺基酸的鏈。當合成蛋白質時,20種不同的胺基酸會合併成為蛋白質。胺基酸的轉译後修飾會附在蛋白質其他的生物化學官能團(如醋酸鹽、磷酸鹽、不同的脂類及碳水化合物)、改變胺基酸的化學性質,或是造成結構的改變(如建立雙硫鍵),來擴闊蛋白質的功能。
再者,酶可以從蛋白質的N末端移除胺基酸,或從中間將肽鏈剪開。舉例來說,胰島素是肽的激素,它會在建立雙硫鍵後被剪開兩次,並在鏈的中間移走多肽前體,而形成的蛋白質包含了兩條以雙硫鍵連接的多肽鏈。
其他修飾,就像磷酸化,是控制蛋白質活動機制的一部份。蛋白質活動可以是令酶活性化或鈍化。
加入官能團
[编辑]翻译後修飾包括以下加入官能團的反應:
- 乙醯化——通常於蛋白質的N末端加入乙醯。
- 烷基化——加入如甲基或乙基等烷基。
- 生物素化——用生物素附加物令保存的賴氨酸醯化。
- 穀氨酸化——在穀氨酸與導管素及其他蛋白質之間建立共價鍵。
- 甘胺酸化——在一個至超過40種甘胺酸與導管素的C末端建立共價鍵。
- 糖化——將糖基加入天冬醯胺、羥離氨酸、絲氨酸或蘇氨酸,形成糖蛋白。
- 異戊二烯化——加入如法呢醇及四異戊二烯等異戊二烯。
- 硫辛酸化——附著硫辛酸的功能性。
- 磷酸泛酰巰基乙胺基化——像在脂肪酸、聚酮、非核醣體肽鏈及白氨酸的生物合成中,從乙醯輔酶A加入4'磷酸泛酰巰基乙胺基。
- 磷酸化——加入磷酸根至絲氨酸、酪氨酸、蘇氨酸或組氨酸。
- 硫酸化——將硫酸根加入至酪氨酸。
- 硒化
- C末端醯胺化
加入其他蛋白質或肽
[编辑]改變胺基酸的化學性質
[编辑]結構改變
[编辑]數據庫與工具
[编辑]蛋白質序列包含通過修飾酶識別的序列基序,並且可以在 PTM 數據庫中記錄或預測。 隨著發現大量不同的修改,需要在數據庫中記錄此類信息。 PTM 信息可以通過實驗手段收集,也可以從高質量、手動整理的數據中預測。 已經創建了許多數據庫,通常側重於某些分類群(例如人類蛋白質)或其他特徵。
資源列表
[编辑]- PhosphoSitePlus (页面存档备份,存于互联网档案馆)[4] – 用於研究哺乳動物蛋白質翻譯後修飾的綜合信息和工具數據庫
- ProteomeScout[5] – 實驗性蛋白質和翻譯後修飾數據庫
- Human Protein Reference Database[5] – 用於不同修飾和了解不同蛋白質、它們的類別以及與致病蛋白質相關的功能/過程的數據庫
- PROSITE[6] – 包括網站在內的多種類型 PTM 的共識模式數據庫
工具
[编辑]蛋白質及其 PTM 可視化軟件列表
案例
[编辑]參考文献
[编辑]- ^ Malakhova, Oxana A.; Yan, Ming; Malakhov, Michael P.; Yuan, Youzhong; Ritchie, Kenneth J.; Kim, Keun Il; Peterson, Luke F.; Shuai, Ke; and Dong-Er Zhang. Protein ISGylation modulates the JAK-STAT signaling pathway. Genes & Development. 2003, 17 (4): 455–460 [2006-11-22]. (原始内容存档于2008-07-19).
- ^ Van G. Wilson , 编. Sumoylation: Molecular Biology and Biochemistry. Horizon Bioscience. 2004. ISBN 978-0-9545232-8-2. (原始内容存档于2005-02-09).
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- ^ Hornbeck PV, Zhang B, Murray B, Kornhauser JM, Latham V, Skrzypek E. PhosphoSitePlus, 2014: mutations, PTMs and recalibrations. Nucleic Acids Research. January 2015, 43 (Database issue): D512–20. PMC 4383998 . PMID 25514926. doi:10.1093/nar/gku1267.
- ^ 5.0 5.1 Goel R, Harsha HC, Pandey A, Prasad TS. Human Protein Reference Database and Human Proteinpedia as resources for phosphoproteome analysis. Molecular BioSystems. February 2012, 8 (2): 453–63. PMC 3804167 . PMID 22159132. doi:10.1039/c1mb05340j.
- ^ Sigrist CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N. PROSITE, a protein domain database for functional characterization and annotation. Nucleic Acids Research. January 2010, 38 (Database issue): D161–6. PMC 2808866 . PMID 19858104. doi:10.1093/nar/gkp885.
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- ^ 1tp8 - Proteopedia, life in 3D. www.proteopedia.org. [2023-04-18]. (原始内容存档于2009-08-28).
外部連接
[编辑]- dbPTM - database of protein post-translational modifications (页面存档备份,存于互联网档案馆)
- List of posttranslational modifications in ExPASy (页面存档备份,存于互联网档案馆)
- Browse SCOP domains by PTM (页面存档备份,存于互联网档案馆) — from the dcGO database
- Statistics of each post-translational modification from the Swiss-Prot database
- AutoMotif Server - A Computational Protocol for Identification of Post-Translational Modifications in Protein Sequences
- Functional analyses for site-specific phosphorylation of a target protein in cells
- Detection of Post-Translational Modifications after high-accuracy MSMS
- Overview and descripition of commonly used post-translational modification detection techniques (页面存档备份,存于互联网档案馆)