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正面評價

馬英九領導國民黨重新執政後，大三通成果遠超越小三通，兩岸已簽署16個協議。大三通實施至今，每周兩岸航班已有558班以上。2013年5月2日，中華民國台澎金馬地區人民的免簽證國陸陸續續達到133國。

2013年4月10日，日本首相安倍晉三領導的自民黨政府終於與台灣簽訂「臺日漁業協議」，台灣漁民可在該海域自由捕魚，但日本仍稱釣魚臺列嶼為其領土。日本管理學家大前研一曾經稱讚馬英九是少數能對自己國家做出貢獻的亞洲領袖，並說：「我給你麻生，你給我馬英九。」。

馬英九從2008年上任至2014年1月，行政院研考會公布政見達成率達96.9%，但戴豪君回應，此調查確實和民眾認知有落差。

負面評價

媒體人

政論家王杏慶，筆名南方朔，針對八八水災撰文批评馬英九無能。針對柯建銘案撰文批评馬英九是不適任的總統與不適任的黨主席。新聞媒體自由時報，在2013年9月22日的《星期專論》，在標題上暗喻馬英九是瘋子，同意王杏慶所說是已不適任總統和黨主席。

國民黨

監察院院長王建煊評價：官員無能的帽子，很快就扣到馬英九的頭上，總統民調只有百分之十幾並非無原因，馬英九追求歷史定位，任期雖然還有3年多，但其歷史定位，現在大致已可確定，那就是「無能」二字。。

高育仁直言不諱地說：「（馬政府）5年下來，『無能』已經定調了」。

台中市長胡志強於台中市大安區農會致詞時表示：「沒有看過大安蔥的，讓他們開開眼界，讓台北人聰明一點，我也希望讓馬英九更聰明一點，要吃大安蔥更聰明一點！」(2013年10月20日 蘋果日報報導)陳長文於遠見雜誌主辦的「第十一屆華人企業領袖遠見高峰會」形容馬英九是「萬中選一、笨中之笨」。(2013年10月30日 蘋果日報報導)

立法院長王金平不滿總統馬英九，曾向美國在台協會處長楊甦棣透露，他認為馬英九是無能又自私的領導者，而且是外省人，而王金平並進一步批評吳敦義太腐敗不適合選總統。國民黨大陸事務部主任張榮恭告訴美國在台協會某官員，2007年8月3日的連戰不喜愛馬英九，是因連戰認為馬英九將個人政治利益置於國民黨利益前。例如2004年的319槍擊案發生後，馬英九曾私下要求連戰停止所有競選活動，選後隔天還要求連戰承認敗選。而曾提攜馬英九的前國民黨主席、前總統李登輝在馬英九剛當選總統時曾經對馬英九有信心，但之後批評馬英九的兩岸政策，雖努力降低與中國間的緊張，卻傷害了台灣對日本和美國的立場。。

民主進步黨

民主進步黨不滿馬英九由來已久，自他擔任法務部長、台北市長已對他不滿。2008年馬當總統後，幾乎年年都要求他下台。2012年起更提出兩次倒閣案。

美國籍人士

據維基解密資料，曾任美國在臺協會臺北處長楊甦棣認為馬英九根本是把台北市長當作總統的墊腳石，在馬兼任臺北市長與國民黨主席的一年半時間中，馬主要的時間與精力放在處理黨務上，市政工作交給他的副市長。楊也說，馬與在臺協會打交道時，總是要形塑自己是未來總統候選人，與他見面時，也要在正式的大會議中見面。曾任美國外交部駐華官員兼學者譚慎格引述維基解密電文，譚慎格撰寫了一篇文章，刊登於2011年12月12日的Taipei Times，其引述許多維基解密中提及馬英九的電文。文中引述美國在臺協會電文對馬英九的形容有：「不論是國民黨內還是外界，都質疑他的決心和遠見，以及他的領導能力。」2009年在臺協會形容馬英九「成了『宅男』總統，幾個他任命的關鍵官員被他自己的政黨國民黨控制的立法院否決，顯得他格外的無效率，儘管事實上他自己的政黨（國民黨）控制了四分之三的多數」、「即使他是總統，馬對國民黨機器缺乏穩固的控制。」「經由少見不典型的勇氣，馬總統大力推進兩岸的協議，指望北京的合作，而且沒有遭遇政治上的困難。」以及「然而，當涉及到處理超出他的專長的問題時，馬似乎仍然猶豫不決和逃避風險。」。

民調與媒體評論/質疑

1. 2009年9月23日，馬英九姐姐馬以南揭露，指馬英九對於自己在勘災時遭責難覺得「好人沒好報」，此言一出即引發非議。綠營抨擊，指馬英九「人前道歉，人後抱怨」。府方證實確有此事，並表示若因此讓災民不舒服，馬英九願表示道歉。
2. 前遠見民調中心主任戴立安2012年5月10日公布「民眾對馬總統評價、連任後的兩岸關係」民調，調查民眾對馬總統的品牌印象，結果是有60.6%的人認為馬總統「被過度包裝美化」，53.3%的人認為馬總統「被誇大功效」，38.5%的人認為馬總統是「變質的過期產品」。
3. 民調評價：2012年5月19日連任就職前夕，聯合報民調顯示馬英九執政滿意度僅為2成3，TVBS民調顯示馬英九執政滿意度創下2成2的新低；且在信任度方面，不信任度已增加至5成3。
4. 英國經濟學人（The Economist）雜誌2012年11月17日，在網路上刊登一篇關於台灣政情的最新評論，不過標題為「Ma the bumbler」（中譯為「行事猶豫的馬英九」）。
5. 美聯社於2013年9月7日報導由於馬政府被普遍公認的「行政笨拙」及馬英九與人民脫節背離（amid a widespread perception of administrative bungling and personal remoteness），導致他的支持率僅剩15％，創上任五年多以來的新低，對已「坐困圍城」的馬政府而言，更是一大挫折（setback for the beleaguered government of President Ma Ying-jeou）。
6. 根據年代新聞民調中心於2013年九月政爭發生後9月13日至9月14日間所做的民調，在1039份樣本裡，馬英九總統施政滿意度僅達9.2%，創歷來新低，反映民眾要求他下台。
7. 英國BBC中文網於2013年9月24日以〈馬英九防民眾丟鞋推遲國民黨全會〉為題，報導抗議者通過臉書網頁公開號召群眾在929穿著黑衣、帶著「破鞋」一雙包圍國民黨全代會會場，「丟出象徵腐敗政權的破鞋，用行動展現人民的憤怒與力量」，國民黨則推遲全會以避免支持率已跌至不到一成的馬英九遭「萬人丟鞋」擊中的難堪場面。但抗議的公民團體說，馬英九到那裏，人民的聲音就到那裏，「請馬總統不要龜縮，出來面對人民的憤怒」。