Флюориназа

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Текущая версия страницы пока не проверялась опытными участниками и может значительно отличаться от версии, проверенной 1 июля 2019 года; проверки требуют 5 правок.
Перейти к навигации Перейти к поиску
Флюориназа (аденозил-фторид синтаза)
Идентификаторы
Шифр КФ 2.5.1.63
Базы ферментов
IntEnz IntEnz view
BRENDA BRENDA entry
ExPASy NiceZyme view
MetaCyc metabolic pathway
KEGG KEGG entry
PRIAM profile
PDB structures RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum
Поиск
PMC статьи
PubMed статьи
NCBI NCBI proteins

Флюориназа (КФ 2.5.1.63, аденозил-фтор-синтетаза) — фермент, катализирующий реакцию между фторид аниониом и S-аденозил-L-метионином, в результате которой образуются L-метионин и 5'-фтор-5'-дезоксиаденозин. 5'-фтор-5'-дезоксиаденозин является первым фторорганическим соединением и лежит в основе биосинтеза фторсодержащих органических соединений в живых организмах.[1] Флюориназа впервые была выделена из почвенных бактерий Streptomyces cattleya. Позднее гомологи данного белка были выявлены в ряде других видов, в частности в Streptomyces sp. MA37, Nocardia brasiliensis и Actinoplanes sp. N902-109.[2] На сегодняшний день флюориназа является единственный ферментом, способным катализировать образование связей между фтором и углеродом (самые прочные химические связи в органической химии).[3]

Флюориназа катализирует реакцию между фторид-анионом и S-аденозил-L-метионином (САМ или SAM) в ходе которой образуются ля получения 5'-фтор-5'-дезоксиаденозин (ФДА или FDA) и L-метионин (L-Met).

В 2007 году из актиномицета Salinospora tropica был выделен гомологичный флюориназе фермент — хлориназа, обеспечивающий введение хлора в органичеческие соединения за счет образования связи углерод-хлор. Хлориназа принимает участие в биосинтезе салиноспорамида А.[4]

Активность

[править | править код]

Флюориназа катализирует реакцию бимолекулярного нуклеофильного замещения (SN2) по С-5' положению S-аденозил-метионина, в то время как L-метионин выступает в качестве нейтральной уходящей группы.[5][6] Скорость реакции в присутствии флюориназы увеличивается 106 −1015[7] раз, по сравнению с реакцией протекающей без катализатора. Тем не менее, флюориназа считается медленным фермент, с числом оборотов (kкат) в 0,06 мин−1.[8] Большое значение кинетического барьера данной реакции объясняется сильной гидратацией фторид анионов, в связи с этим образование связи углерод-фтор имеет высокие значения энергии активации. При этом, значительная доля энергии необходима на «зачистку» фторид анионов от связанных с ним молекул воды; в результате этого из фторида в активном центре фермента образуется сильный нуклеофил, атакующий субстрат.

Реакция катализируемая флюориназой обратима, и после инкубации 5'-фтор-5'-дезоксиаденозина и L-метионина с флюориназой образуется S-аденозил-L-метионин и фторид анион.[9] Замещение L-метионина на L-селенометионин приводит к 6-ти кратному увеличению скорости обратной реакции, что обусловлено увеличением нуклеофильности в результате замены серы на селен.

Флюориназа обладает относительно невысокой селективностью в отношении галогенид анионов, так фермент способен катализировать присоединение хлорид аниона. Хотя равновесие реакции между S-аденозил-L-метионином и фторид анионом сдвинуто в сторону продуктов, в аналогичной реакции с хлорид анионом равновесие сдвинуто в сторону исходных веществ. Инкубация S-аденозил-L-метионина и хлорид анионов в среде содержащей флюориназу не приводит к образованию 5'-хлоро-5'-дезоксиаденозина, до тех пор пока не будет добавлена оксидаза L-аминокислот. Значение оксидазы L-аминокислот состоит в окислении L-метионина до соответствующей оксокислоты. Уменьшение концентрации продукта первой реакции (L-метионина) приводит к сдвигу равновесия по принципу Ле Шателье и образованию 5'-хлоро-5'-дезоксиаденозина.

Флюориназа может катализировать реакцию между хлорид анионом и S-аденозил-L-метионином (SAM) в которой образуется 5'-хлоро-5'-дезоксиаденозин (ClDA) и L-метионин (L-Met). Реакция осуществима только при наличии оксидазы L-аминокислот, которая удаляет образующийся L-метионин, что сдвигает равновесие первой реакции в сторону образования продуктов.

Невысокая специфичность в отношении галогенид анионов и различное положение равновесия в реакциях введения фтора и хлора обеспечивает возможность реакции трансгалогенирования (замены хлора на фтор). Инкубирование 5'-хлоронуклеозидов с ферментом и каталитическими количествами L-селенометионина или L-метионина приводит к образованию 5'-фторонуклеозидов. При введении в реакционную среду анионов изотопа 18F, реакция трансгалогенирования может быть использована для получения радиопрепаратов, которые активно применяются в позитронно-эмиссионной томографии.[10][11]

Инкубация 5'-хлоро-5'-дезоксиаденозина (ClDA) флюориназы в присутствии фторид анионов и L-метионина приводит к образованию 5'-хлоро-5'-дезоксиаденозина (FDA). В реакции трансгалогенирования интермедиатом является S-аденозил-L-метионин (SAM).

Структурные исследования

[править | править код]

С 2007 года, 9 структур были определены для этого класса ферментов. В базе данных белковых структур (PDB) данным белкам соответствуют следующие коды: PDB 1RQP, PDB 1RQR, PDB 2C2W, PDB 2C4T, PDB 2C4U, PDB 2C5B, PDB 2C5H, PDB 2CBX, и PDB 2CC2.

Название фермента обусловлено функцией. Структурно флюориназа гомологична duf-62 типу ферментов. Фермент представляет собой димер из тримеров (2 молекулы каждая из трех субъединиц). Активные центры находятся между этими субъединицами (интейрфейс субъединиц); в каждом сайте может связываться одна молекула.[12]

См. также

[править | править код]

Примечания

[править | править код]
  1. ↑ O'Hagan, David; Schaffrath, Christoph; Cobb, Steven L.; Hamilton, John T. G.; Murphy, Cormac D. Biochemistry: Biosynthesis of an organofluorine molecule (англ.) // Nature : journal. — 2002. — March (vol. 416, no. 6878). — P. 279—279. — doi:10.1038/416279a. — PMID 11907567. Архивировано 2 декабря 2008 года.
  2. ↑ Deng, Hai. Identification of Fluorinases from Streptomyces sp MA37, Norcardia brasiliensis, and Actinoplanes sp N902-109 by Genome Mining (англ.) // ChemBioChem[англ.] : journal. — 2014. — 10 February (vol. 15, no. 3). — P. 364—368. — ISSN 1439-7633. — doi:10.1002/cbic.201300732. Архивировано 27 октября 2017 года.
  3. ↑ O'Hagan, David. Understanding organofluorine chemistry. An introduction to the C–F bond (англ.) // Chem. Soc. Rev.[англ.] : journal. — 2008. — February (vol. 37, no. 2). — P. 308—319. — doi:10.1039/b711844a. — PMID 18197347. Архивировано 10 мая 2020 года.
  4. ↑ Eustáquio, Alessandra S. Discovery and characterization of a marine bacterial SAM-dependent chlorinase (англ.) // Nature Chemical Biology : journal. — Vol. 4, no. 1. — P. 69—74. — doi:10.1038/nchembio.2007.56. — PMID 18059261.
  5. ↑ Cadicamo, Cosimo D. Enzymatic Fluorination in Streptomyces cattleya Takes Place with an Inversion of Configuration Consistent with an SN2 Reaction Mechanism (англ.) // ChemBioChem[англ.] : journal. — 2004. — 3 May (vol. 5, no. 5). — P. 685—690. — ISSN 1439-7633. — doi:10.1002/cbic.200300839. Архивировано 28 октября 2017 года.
  6. ↑ Senn, Hans Martin; O'Hagan, David; Thiel, Walter. Insight into Enzymatic C−F Bond Formation from QM and QM/MM Calculations (англ.) // Journal of the American Chemical Society[англ.] : journal. — 2005. — 1 October (vol. 127, no. 39). — P. 13643—13655. — ISSN 0002-7863. — doi:10.1021/ja053875s. — PMID 16190730.
  7. ↑ Lohman, Danielle C. Catalysis by Desolvation: The Catalytic Prowess of SAM-Dependent Halide-Alkylating Enzymes (англ.) // Journal of the American Chemical Society[англ.] : journal. — 2013. — 2 October (vol. 135, no. 39). — P. 14473—14475. — ISSN 0002-7863. — doi:10.1021/ja406381b. — PMID 24041082.
  8. ↑ Zhu, Xiaofeng. Mechanism of Enzymatic Fluorination in Streptomyces cattleya (англ.) // Journal of the American Chemical Society[англ.] : journal. — 2007. — 1 November (vol. 129, no. 47). — P. 14597—14604. — ISSN 0002-7863. — doi:10.1021/ja0731569. — PMID 17985882.
  9. ↑ Deng, Hai; Cobb, Steven L.; McEwan, Andrew R.; McGlinchey, Ryan P.; Naismith, James H.; O'Hagan, David; Robinson, David A.; Spencer, Jonathan B. The Fluorinase from Streptomyces cattleya Is Also a Chlorinase (англ.) // Angewandte Chemie International Edition : journal. — 2006. — 23 January (vol. 45, no. 5). — P. 759—762. — ISSN 1521-3773. — doi:10.1002/anie.200503582. — PMID 16370017. — PMC 3314195. Архивировано 9 января 2018 года.
  10. ↑ Deng, Hai. Fluorinase mediated C–18F bond formation, an enzymatic tool for PET labelling (англ.) // Chemical Communications[англ.] : journal. — No. 6. — P. 652. — doi:10.1039/b516861a.
  11. ↑ Thompson, S.; Onega, M.; Ashworth, S.; Fleming, I. N.; Passchier, J.; O'Hagan, D. A two-step fluorinase enzyme mediated 18 F labelling of an RGD peptide for positron emission tomography (англ.) // Chem. Commun.[англ.] : journal. — Vol. 51, no. 70. — P. 13542—13545. — doi:10.1039/c5cc05013h.
  12. ↑ Dong, C; Dong, C. Crystal Structure and Mechanism of a Bacterial Flourinating Enzyme (англ.) // Nature Chemistry : journal. — 2004. — Vol. 427. — P. 561—565. — doi:10.1038/nature02280. — PMID 14765200.

Литература

[править | править код]
  • Biochemistry: biosynthesis of an organofluorine molecule (англ.) // Nature : journal. — 2002. — Vol. 416, no. 6878. — P. 279. — doi:10.1038/416279a. — PMID 11907567.
  • Naismith JH; Naismith J.H. Crystal structure and mechanism of a bacterial fluorinating enzyme (англ.) // Nature : journal. — 2004. — Vol. 427, no. 6974. — P. 561—;5. — doi:10.1038/nature02280. — PMID 14765200.
Источник — https://ru.wikipedia.org/ruwiki/w/index.php?title=Флюориназа&oldid=139497666