Объясняя название альбома, Брюс Дикинсон говорил:«„Skunk Works“ — так называлось управление авиационной компании „Lockheed Aviation“ выпускавшей суперсекретные и навороченные самолёты, в том числе самолёты-невидимки, а также „Blackbird“, самый быстрый самолёт в мире, способный подниматься на самую высокую высоту. Эта же компания, в конце второй мировой войны создала U-2, первый американский реактивный истребитель, а также F-104 Starfighter, и прочие крайне новаторские для своего времени модели самолётов. Мы изменили название, соединив два слова в одно».
К моменту выпуска альбома он также говорил: «Альбом «Skunkworks» наконец-то вышел, чтобы шокировать и ужасать. Я не только коротко подстригся (шок-ужас), но и имел дерзость заиграть на своем опусе что-то новенькое, ещё более не похожее на предыдущую пластинку. Меня завалили письмами со злобными обвинениями, и я не мог нарадоваться. Я никогда бы не выпустил пластинку для того, чтобы потешить мракобесов, и лучше всего было „разойтись как в море корабли“, чтобы оппоненты позабыли обо мне. По сути, в лице Skunkworks я попытался провернуть то, что Дэвид Боуи продвигал со своей группой Tin Machine. В итоге Боуи потерпел поражение, да и у меня бы не фига не получилось, но всего за один год я многое понял и многому научился, все то, что забыл за десять лет в составе Iron Maiden».